NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | bmrb_id | cing | stage | program | type | subtype | item_count |
|
|
53363 |
2qh4   |
7405 | cing | 2-parsed | STAR | entry | full | 577 |
data_2qh4_MR_file_constraints
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_Study_list.Sf_category study_list
_Study_list.Entry_ID parsed_2qh4
_Study_list.ID 1
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1 "Conversion project" NMR . parsed_2qh4 1
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_Entry.Sf_category entry_information
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_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
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_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
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_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 2qh4 "Master copy" parsed_2qh4
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_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_2qh4
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_Constraint_file.Constraint_subsubtype
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_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 2qh4.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_2qh4 1
1 2qh4.mr . . XPLOR/CNS 2 distance NOE simple 403 parsed_2qh4 1
1 2qh4.mr . . XPLOR/CNS 3 distance "hydrogen bond" simple 36 parsed_2qh4 1
1 2qh4.mr . . XPLOR/CNS 4 planarity "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_2qh4 1
1 2qh4.mr . . XPLOR/CNS 5 stereochemistry chirality "Not applicable" 0 parsed_2qh4 1
1 2qh4.mr . . XPLOR/CNS 6 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 138 parsed_2qh4 1
1 2qh4.mr . . "MR format" 7 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_2qh4 1
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_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_2qh4
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_Org_constr_file_comment.Block_ID 1
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER RNA 29-JUN-07 2QH4
*TITLE SOLUTION STRUCTURE OF THE U85 C/D-H/ACA SCARNA 5' TERMINAL
*TITLE 2 HAIRPIN LOOP
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: HUMAN U85 C/D-H/ACA SCARNA;
*COMPND 3 CHAIN: A;
*COMPND 4 FRAGMENT: U85 5' TERMINAL HAIRPIN LOOP;
*COMPND 5 ENGINEERED: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 SYNTHETIC: YES;
*SOURCE 3 OTHER_DETAILS: RNA IS SYNTHESIZED USING IN VITRO
*SOURCE 4 TRANSCRIPTION WITH T7 RNA POLYMERASE AND A PARTIALLY
*SOURCE 5 DOUBLE-STRANDED DNA TEMPLATE
*KEYWDS LOOP, SHEARED GA PAIR, RNA
*EXPDTA NMR, 20 STRUCTURES
*AUTHOR J.FEIGON, C.A.THEIMER, N.CHIM, K.E.BREECE
*REVDAT 1 01-JUL-08 2QH4 0
;
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save_CNS/XPLOR_distance_constraints_2
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_2qh4
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 2
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_2qh4 1
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137 1 . . . parsed_2qh4 1
138 1 . . . parsed_2qh4 1
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121 1 2 . . . . . . . . . 7 . H8 parsed_2qh4 1
122 1 1 . . . . . . . . . 7 . H3' parsed_2qh4 1
122 1 2 . . . . . . . . . 8 . H8 parsed_2qh4 1
123 1 1 . . . . . . . . . 7 . H3' parsed_2qh4 1
123 1 2 . . . . . . . . . 7 . H1' parsed_2qh4 1
124 1 1 . . . . . . . . . 7 . H4' parsed_2qh4 1
124 1 2 . . . . . . . . . 7 . H8 parsed_2qh4 1
125 1 1 . . . . . . . . . 7 . H4' parsed_2qh4 1
125 1 2 . . . . . . . . . 7 . H1' parsed_2qh4 1
126 1 1 . . . . . . . . . 7 . H5' parsed_2qh4 1
126 1 2 . . . . . . . . . 7 . H8 parsed_2qh4 1
127 1 1 . . . . . . . . . 7 . H5'' parsed_2qh4 1
127 1 2 . . . . . . . . . 7 . H8 parsed_2qh4 1
128 1 1 . . . . . . . . . 8 . H5'' parsed_2qh4 1
128 1 2 . . . . . . . . . 8 . H8 parsed_2qh4 1
129 1 1 . . . . . . . . . 8 . H8 parsed_2qh4 1
129 1 2 . . . . . . . . . 7 . H8 parsed_2qh4 1
130 1 1 . . . . . . . . . 8 . H8 parsed_2qh4 1
130 1 2 . . . . . . . . . 12 . H2 parsed_2qh4 1
131 1 1 . . . . . . . . . 8 . H2 parsed_2qh4 1
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132 1 1 . . . . . . . . . 8 . H2 parsed_2qh4 1
132 1 2 . . . . . . . . . 11 . H1' parsed_2qh4 1
133 1 1 . . . . . . . . . 8 . H2 parsed_2qh4 1
133 1 2 . . . . . . . . . 11 . H2' parsed_2qh4 1
134 1 1 . . . . . . . . . 8 . H2 parsed_2qh4 1
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233 1 2 . . . . . . . . . 12 . H8 parsed_2qh4 1
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243 1 1 . . . . . . . . . 12 . H3' parsed_2qh4 1
243 1 2 . . . . . . . . . 12 . H8 parsed_2qh4 1
244 1 1 . . . . . . . . . 12 . H2' parsed_2qh4 1
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245 1 1 . . . . . . . . . 12 . H4' parsed_2qh4 1
245 1 2 . . . . . . . . . 12 . H8 parsed_2qh4 1
246 1 1 . . . . . . . . . 12 . H4' parsed_2qh4 1
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247 1 1 . . . . . . . . . 12 . H5' parsed_2qh4 1
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248 1 1 . . . . . . . . . 12 . H5' parsed_2qh4 1
248 1 2 . . . . . . . . . 12 . H1' parsed_2qh4 1
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249 1 2 . . . . . . . . . 12 . H8 parsed_2qh4 1
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364 1 1 . . . . . . . . . 15 . H3 parsed_2qh4 1
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366 1 2 . . . . . . . . . 4 . N1 parsed_2qh4 1
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371 1 1 . . . . . . . . . 17 . H41 parsed_2qh4 1
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2 1 1 . . . . . . . . . 1 . N1 parsed_2qh4 2
2 1 2 . . . . . . . . . 18 . N3 parsed_2qh4 2
3 1 1 . . . . . . . . . 1 . O6 parsed_2qh4 2
3 1 2 . . . . . . . . . 18 . H41 parsed_2qh4 2
4 1 1 . . . . . . . . . 1 . O6 parsed_2qh4 2
4 1 2 . . . . . . . . . 18 . N4 parsed_2qh4 2
5 1 1 . . . . . . . . . 1 . H21 parsed_2qh4 2
5 1 2 . . . . . . . . . 18 . O2 parsed_2qh4 2
6 1 1 . . . . . . . . . 1 . N2 parsed_2qh4 2
6 1 2 . . . . . . . . . 18 . O2 parsed_2qh4 2
7 1 1 . . . . . . . . . 2 . H1 parsed_2qh4 2
7 1 2 . . . . . . . . . 17 . N3 parsed_2qh4 2
8 1 1 . . . . . . . . . 2 . N1 parsed_2qh4 2
8 1 2 . . . . . . . . . 17 . N3 parsed_2qh4 2
9 1 1 . . . . . . . . . 2 . O6 parsed_2qh4 2
9 1 2 . . . . . . . . . 17 . H41 parsed_2qh4 2
10 1 1 . . . . . . . . . 2 . O6 parsed_2qh4 2
10 1 2 . . . . . . . . . 17 . N4 parsed_2qh4 2
11 1 1 . . . . . . . . . 2 . H21 parsed_2qh4 2
11 1 2 . . . . . . . . . 17 . O2 parsed_2qh4 2
12 1 1 . . . . . . . . . 2 . N2 parsed_2qh4 2
12 1 2 . . . . . . . . . 17 . O2 parsed_2qh4 2
13 1 1 . . . . . . . . . 3 . N3 parsed_2qh4 2
13 1 2 . . . . . . . . . 16 . H1 parsed_2qh4 2
14 1 1 . . . . . . . . . 3 . N3 parsed_2qh4 2
14 1 2 . . . . . . . . . 16 . N1 parsed_2qh4 2
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15 1 2 . . . . . . . . . 16 . O6 parsed_2qh4 2
16 1 1 . . . . . . . . . 3 . N4 parsed_2qh4 2
16 1 2 . . . . . . . . . 16 . O6 parsed_2qh4 2
17 1 1 . . . . . . . . . 3 . O2 parsed_2qh4 2
17 1 2 . . . . . . . . . 16 . H21 parsed_2qh4 2
18 1 1 . . . . . . . . . 3 . O2 parsed_2qh4 2
18 1 2 . . . . . . . . . 16 . N2 parsed_2qh4 2
19 1 1 . . . . . . . . . 15 . H3 parsed_2qh4 2
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20 1 1 . . . . . . . . . 15 . N3 parsed_2qh4 2
20 1 2 . . . . . . . . . 4 . N1 parsed_2qh4 2
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23 1 2 . . . . . . . . . 14 . H1 parsed_2qh4 2
24 1 1 . . . . . . . . . 5 . N3 parsed_2qh4 2
24 1 2 . . . . . . . . . 14 . N1 parsed_2qh4 2
25 1 1 . . . . . . . . . 5 . H41 parsed_2qh4 2
25 1 2 . . . . . . . . . 14 . O6 parsed_2qh4 2
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26 1 2 . . . . . . . . . 14 . O6 parsed_2qh4 2
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27 1 2 . . . . . . . . . 14 . H21 parsed_2qh4 2
28 1 1 . . . . . . . . . 5 . O2 parsed_2qh4 2
28 1 2 . . . . . . . . . 14 . N2 parsed_2qh4 2
29 1 1 . . . . . . . . . 13 . H3 parsed_2qh4 2
29 1 2 . . . . . . . . . 6 . N1 parsed_2qh4 2
30 1 1 . . . . . . . . . 13 . N3 parsed_2qh4 2
30 1 2 . . . . . . . . . 6 . N1 parsed_2qh4 2
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31 1 2 . . . . . . . . . 6 . H61 parsed_2qh4 2
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35 1 2 . . . . . . . . . 7 . H22 parsed_2qh4 2
36 1 1 . . . . . . . . . 12 . N7 parsed_2qh4 2
36 1 2 . . . . . . . . . 7 . N2 parsed_2qh4 2
stop_
loop_
_Dist_constraint_value.Constraint_ID
_Dist_constraint_value.Tree_node_ID
_Dist_constraint_value.Source_experiment_ID
_Dist_constraint_value.Spectral_peak_ID
_Dist_constraint_value.Intensity_val
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_Dist_constraint_value.Distance_val
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_Dist_constraint_value.Distance_constraint_list_ID
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5 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_2qh4 2
6 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_2qh4 2
7 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_2qh4 2
8 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_2qh4 2
9 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_2qh4 2
10 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_2qh4 2
11 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_2qh4 2
12 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_2qh4 2
13 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_2qh4 2
14 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_2qh4 2
15 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_2qh4 2
16 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_2qh4 2
17 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_2qh4 2
18 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_2qh4 2
19 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_2qh4 2
20 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_2qh4 2
21 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_2qh4 2
22 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_2qh4 2
23 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_2qh4 2
24 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_2qh4 2
25 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_2qh4 2
26 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_2qh4 2
27 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_2qh4 2
28 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_2qh4 2
29 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_2qh4 2
30 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_2qh4 2
31 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_2qh4 2
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33 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_2qh4 2
34 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_2qh4 2
35 1 . . . . . 2.00 1.80 2.20 parsed_2qh4 2
36 1 . . . . . 2.90 2.60 3.20 parsed_2qh4 2
stop_
loop_
_Dist_constraint_comment_org.ID
_Dist_constraint_comment_org.Comment_text
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_column
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_column
_Dist_constraint_comment_org.Entry_ID
_Dist_constraint_comment_org.Distance_constraint_list_ID
1 "hydrogen bonds" 1 1 1 16 parsed_2qh4 2
stop_
save_
save_CNS/XPLOR_dihedral_6
_Torsion_angle_constraint_list.Sf_category torsion_angle_constraints
_Torsion_angle_constraint_list.Entry_ID parsed_2qh4
_Torsion_angle_constraint_list.ID 1
_Torsion_angle_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Torsion_angle_constraint_list.Block_ID 6
_Torsion_angle_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Torsion_angle_constraint.ID
_Torsion_angle_constraint.Torsion_angle_name
_Torsion_angle_constraint.Assembly_atom_ID_1
_Torsion_angle_constraint.Entity_assembly_ID_1
_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_1
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_Torsion_angle_constraint.Entity_assembly_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Comp_index_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Seq_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Comp_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Atom_ID_2
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_Torsion_angle_constraint.Assembly_atom_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Entity_assembly_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_3
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_Torsion_angle_constraint.Seq_ID_3
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_Torsion_angle_constraint.Atom_ID_3
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_Torsion_angle_constraint.Assembly_atom_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Entity_assembly_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_4
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_Torsion_angle_constraint.Atom_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Resonance_ID_4
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_Torsion_angle_constraint.Source_experiment_ID
_Torsion_angle_constraint.Auth_asym_ID_1
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_Torsion_angle_constraint.Auth_atom_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Entry_ID
_Torsion_angle_constraint.Torsion_angle_constraint_list_ID
1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -3.0 3.0 . . $namin . H21 . $namin . N2 . $namin . C2 . $namin . N1 parsed_2qh4 1
2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -3.0 3.0 . . $namin . H22 . $namin . N2 . $namin . C2 . $namin . N3 parsed_2qh4 1
3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -3.0 3.0 . . $namin2 . H41 . $namin2 . N4 . $namin2 . C4 . $namin2 . N3 parsed_2qh4 1
4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -3.0 3.0 . . $namin2 . H42 . $namin2 . N4 . $namin2 . C4 . $namin2 . C5 parsed_2qh4 1
5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -3.0 3.0 . . $namin3 . H61 . $namin3 . N6 . $namin3 . C6 . $namin3 . N1 parsed_2qh4 1
6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -3.0 3.0 . . $namin3 . H62 . $namin3 . N6 . $namin3 . C6 . $namin3 . C5 parsed_2qh4 1
7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -120.0 120.0 . . 6 . O3' . 7 . P . 7 . O5' . 7 . C5' parsed_2qh4 1
8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -120.0 120.0 . . 7 . O3' . 8 . P . 8 . O5' . 8 . C5' parsed_2qh4 1
9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -120.0 120.0 . . 8 . O3' . 9 . P . 9 . O5' . 9 . C5' parsed_2qh4 1
10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -120.0 120.0 . . 9 . O3' . 10 . P . 10 . O5' . 10 . C5' parsed_2qh4 1
11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -120.0 120.0 . . 10 . O3' . 11 . P . 11 . O5' . 11 . C5' parsed_2qh4 1
12 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -120.0 0.0 . . 11 . O3' . 12 . P . 12 . O5' . 12 . C5' parsed_2qh4 1
13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -120.0 120.0 . . 12 . O3' . 13 . P . 13 . O5' . 13 . C5' parsed_2qh4 1
14 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -207.0 -87.0 . . 1 . O4' . 1 . C1' . 1 . N9 . 1 . C4 parsed_2qh4 1
15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -190.0 -130.0 . . 2 . O4' . 2 . C1' . 2 . N9 . 2 . C4 parsed_2qh4 1
16 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -190.0 -130.0 . . 3 . O4' . 3 . C1' . 3 . N1 . 3 . C2 parsed_2qh4 1
17 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -190.0 -130.0 . . 4 . O4' . 4 . C1' . 4 . N9 . 4 . C4 parsed_2qh4 1
18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -207.0 -87.0 . . 5 . O4' . 5 . C1' . 5 . N1 . 5 . C2 parsed_2qh4 1
19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -190.0 -130.0 . . 6 . O4' . 6 . C1' . 6 . N9 . 6 . C4 parsed_2qh4 1
20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -190.0 -130.0 . . 7 . O4' . 7 . C1' . 7 . N9 . 7 . C4 parsed_2qh4 1
21 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -190.0 -130.0 . . 8 . O4' . 8 . C1' . 8 . N9 . 8 . C4 parsed_2qh4 1
22 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -190.0 -130.0 . . 9 . O4' . 9 . C1' . 9 . N9 . 9 . C4 parsed_2qh4 1
23 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -160.0 -100.0 . . 10 . O4' . 10 . C1' . 10 . N1 . 10 . C2 parsed_2qh4 1
24 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -160.0 -100.0 . . 11 . O4' . 11 . C1' . 11 . N1 . 11 . C2 parsed_2qh4 1
25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -207.0 -87.0 . . 12 . O4' . 12 . C1' . 12 . N9 . 12 . C4 parsed_2qh4 1
26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -207.0 -87.0 . . 13 . O4' . 13 . C1' . 13 . N1 . 13 . C2 parsed_2qh4 1
27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -190.0 -130.0 . . 14 . O4' . 14 . C1' . 14 . N9 . 14 . C4 parsed_2qh4 1
28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -190.0 -130.0 . . 15 . O4' . 15 . C1' . 15 . N1 . 15 . C2 parsed_2qh4 1
29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -190.0 -130.0 . . 16 . O4' . 16 . C1' . 16 . N9 . 16 . C4 parsed_2qh4 1
30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -190.0 -130.0 . . 17 . O4' . 17 . C1' . 17 . N1 . 17 . C2 parsed_2qh4 1
31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -207.0 -87.0 . . 18 . O4' . 18 . C1' . 18 . N1 . 18 . C2 parsed_2qh4 1
32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60.0 180.0 . . 1 . C5' . 1 . C4' . 1 . C3' . 1 . O3' parsed_2qh4 1
33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52.0 112.0 . . 2 . C5' . 2 . C4' . 2 . C3' . 2 . O3' parsed_2qh4 1
34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52.0 112.0 . . 3 . C5' . 3 . C4' . 3 . C3' . 3 . O3' parsed_2qh4 1
35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52.0 112.0 . . 4 . C5' . 4 . C4' . 4 . C3' . 4 . O3' parsed_2qh4 1
36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60.0 180.0 . . 5 . C5' . 5 . C4' . 5 . C3' . 5 . O3' parsed_2qh4 1
37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52.0 112.0 . . 6 . C5' . 6 . C4' . 6 . C3' . 6 . O3' parsed_2qh4 1
38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52.0 112.0 . . 7 . C5' . 7 . C4' . 7 . C3' . 7 . O3' parsed_2qh4 1
39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52.0 112.0 . . 8 . C5' . 8 . C4' . 8 . C3' . 8 . O3' parsed_2qh4 1
40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52.0 112.0 . . 9 . C5' . 9 . C4' . 9 . C3' . 9 . O3' parsed_2qh4 1
41 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115.0 175.0 . . 10 . C5' . 10 . C4' . 10 . C3' . 10 . O3' parsed_2qh4 1
42 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115.0 175.0 . . 11 . C5' . 11 . C4' . 11 . C3' . 11 . O3' parsed_2qh4 1
43 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60.0 180.0 . . 12 . C5' . 12 . C4' . 12 . C3' . 12 . O3' parsed_2qh4 1
44 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60.0 180.0 . . 13 . C5' . 13 . C4' . 13 . C3' . 13 . O3' parsed_2qh4 1
45 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52.0 112.0 . . 14 . C5' . 14 . C4' . 14 . C3' . 14 . O3' parsed_2qh4 1
46 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115.0 175.0 . . 15 . C5' . 15 . C4' . 15 . C3' . 15 . O3' parsed_2qh4 1
47 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52.0 112.0 . . 16 . C5' . 16 . C4' . 16 . C3' . 16 . O3' parsed_2qh4 1
48 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52.0 112.0 . . 17 . C5' . 17 . C4' . 17 . C3' . 17 . O3' parsed_2qh4 1
49 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60.0 180.0 . . 18 . C5' . 18 . C4' . 18 . C3' . 18 . O3' parsed_2qh4 1
50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 230.0 . . 1 . C4' . 1 . C3' . 1 . O3' . 2 . P parsed_2qh4 1
51 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 230.0 . . 2 . C4' . 2 . C3' . 2 . O3' . 3 . P parsed_2qh4 1
52 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210.0 270.0 . . 3 . C4' . 3 . C3' . 3 . O3' . 4 . P parsed_2qh4 1
53 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 212.0 272.0 . . 4 . C4' . 4 . C3' . 4 . O3' . 5 . P parsed_2qh4 1
54 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183.0 243.0 . . 5 . C4' . 5 . C3' . 5 . O3' . 6 . P parsed_2qh4 1
55 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210.0 270.0 . . 6 . C4' . 6 . C3' . 6 . O3' . 7 . P parsed_2qh4 1
56 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170.0 230.0 . . 7 . C4' . 7 . C3' . 7 . O3' . 8 . P parsed_2qh4 1
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59 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175.0 235.0 . . 10 . C4' . 10 . C3' . 10 . O3' . 11 . P parsed_2qh4 1
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72 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -120.0 120.0 . . 10 . C3' . 10 . O3' . 11 . P . 11 . O5' parsed_2qh4 1
73 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -120.0 120.0 . . 11 . C3' . 11 . O3' . 12 . P . 12 . O5' parsed_2qh4 1
74 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -120.0 120.0 . . 12 . C3' . 12 . O3' . 13 . P . 13 . O5' parsed_2qh4 1
75 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -92.1 -32.1 . . 1 . O3' . 2 . P . 2 . O5' . 2 . C5' parsed_2qh4 1
76 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -92.1 -32.1 . . 2 . O3' . 3 . P . 3 . O5' . 3 . C5' parsed_2qh4 1
77 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -92.1 -32.1 . . 3 . O3' . 4 . P . 4 . O5' . 4 . C5' parsed_2qh4 1
78 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -92.1 -32.1 . . 4 . O3' . 5 . P . 5 . O5' . 5 . C5' parsed_2qh4 1
79 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -92.1 -32.1 . . 5 . O3' . 6 . P . 6 . O5' . 6 . C5' parsed_2qh4 1
80 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -92.1 -32.1 . . 6 . O3' . 7 . P . 7 . O5' . 7 . C5' parsed_2qh4 1
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93 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -240.5 -120.5 . . 8 . P . 8 . O5' . 8 . C5' . 8 . C4' parsed_2qh4 1
94 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -209.9 -149.9 . . 10 . P . 10 . O5' . 10 . C5' . 10 . C4' parsed_2qh4 1
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97 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -240.5 -120.5 . . 13 . P . 13 . O5' . 13 . C5' . 13 . C4' parsed_2qh4 1
98 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -209.9 -149.9 . . 14 . P . 14 . O5' . 14 . C5' . 14 . C4' parsed_2qh4 1
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100 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -209.9 -149.9 . . 16 . P . 16 . O5' . 16 . C5' . 16 . C4' parsed_2qh4 1
101 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -209.9 -149.9 . . 17 . P . 17 . O5' . 17 . C5' . 17 . C4' parsed_2qh4 1
102 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -209.9 -149.9 . . 18 . P . 18 . O5' . 18 . C5' . 18 . C4' parsed_2qh4 1
103 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17.44 77.44 . . 1 . O5' . 1 . C5' . 1 . C4' . 1 . C3' parsed_2qh4 1
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131 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7.27 67.27 . . 5 . C1' . 5 . C2' . 5 . C3' . 5 . C4' parsed_2qh4 1
132 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7.27 67.27 . . 6 . C1' . 6 . C2' . 6 . C3' . 6 . C4' parsed_2qh4 1
133 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7.27 67.27 . . 13 . C1' . 13 . C2' . 13 . C3' . 13 . C4' parsed_2qh4 1
134 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7.27 67.27 . . 14 . C1' . 14 . C2' . 14 . C3' . 14 . C4' parsed_2qh4 1
135 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7.27 67.27 . . 15 . C1' . 15 . C2' . 15 . C3' . 15 . C4' parsed_2qh4 1
136 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7.27 67.27 . . 16 . C1' . 16 . C2' . 16 . C3' . 16 . C4' parsed_2qh4 1
137 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7.27 67.27 . . 17 . C1' . 17 . C2' . 17 . C3' . 17 . C4' parsed_2qh4 1
138 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7.27 67.27 . . 18 . C1' . 18 . C2' . 18 . C3' . 18 . C4' parsed_2qh4 1
stop_
loop_
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_TA_constraint_comment_org.Torsion_angle_constraint_list_ID
1 "{* keep Gua amino groups flat *}" 1 1 1 34 parsed_2qh4 1
2 "{* keep cytosine amino flat *}" 22 1 22 32 parsed_2qh4 1
3 "{* keep adenine amino flat *}" 44 1 44 31 parsed_2qh4 1
4 "dihedral angles" 64 1 64 17 parsed_2qh4 1
5 "anti interm" 102 53 102 66 parsed_2qh4 1
6 anti 107 53 107 59 parsed_2qh4 1
7 anti 112 53 112 59 parsed_2qh4 1
8 anti 117 53 117 59 parsed_2qh4 1
9 "anti interm" 122 53 122 66 parsed_2qh4 1
10 anti 127 53 127 59 parsed_2qh4 1
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12 anti 137 53 137 59 parsed_2qh4 1
13 anti 142 53 142 59 parsed_2qh4 1
14 "anti south" 147 53 147 65 parsed_2qh4 1
15 "anti south" 152 53 152 65 parsed_2qh4 1
16 "anti interm" 157 53 157 66 parsed_2qh4 1
17 "anti interm" 162 53 162 66 parsed_2qh4 1
18 anti 167 53 167 59 parsed_2qh4 1
19 anti 172 53 172 60 parsed_2qh4 1
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22 "anti interm" 187 53 187 66 parsed_2qh4 1
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25 *delta* 202 62 202 62 parsed_2qh4 1
26 *delta* 207 62 207 62 parsed_2qh4 1
27 *delta* 212 63 212 63 parsed_2qh4 1
28 *delta* 217 62 217 62 parsed_2qh4 1
29 *delta* 222 61 222 61 parsed_2qh4 1
30 *delta* 227 60 227 60 parsed_2qh4 1
31 *delta* 232 61 232 61 parsed_2qh4 1
32 *delta* 237 62 237 62 parsed_2qh4 1
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34 *delta* 247 62 247 62 parsed_2qh4 1
35 *delta* 252 63 252 63 parsed_2qh4 1
36 *delta* 257 62 257 62 parsed_2qh4 1
37 *delta* 262 63 262 63 parsed_2qh4 1
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39 *delta* 272 61 272 61 parsed_2qh4 1
40 *delta* 277 62 277 62 parsed_2qh4 1
41 *epsilon* 281 61 281 61 parsed_2qh4 1
42 *epsilon* 286 61 286 61 parsed_2qh4 1
43 *epsilon* 291 61 291 61 parsed_2qh4 1
44 *epsilon* 296 61 296 61 parsed_2qh4 1
45 *epsilon* 301 61 301 61 parsed_2qh4 1
46 *epsilon* 306 61 306 61 parsed_2qh4 1
47 *epsilon* 311 61 311 61 parsed_2qh4 1
48 *epsilon* 316 61 316 61 parsed_2qh4 1
49 *epsilon* 321 61 321 61 parsed_2qh4 1
50 *epsilon* 326 61 326 61 parsed_2qh4 1
51 *epsilon* 331 61 331 61 parsed_2qh4 1
52 *epsilon* 336 61 336 61 parsed_2qh4 1
53 *epsilon* 341 61 341 61 parsed_2qh4 1
54 *epsilon* 346 61 346 61 parsed_2qh4 1
55 *epsilon* 351 61 351 61 parsed_2qh4 1
56 *epsilon* 356 61 356 61 parsed_2qh4 1
57 *epsilon* 361 61 361 61 parsed_2qh4 1
58 *epsilon* 366 61 366 61 parsed_2qh4 1
59 "non-experimental dihedral angle restraints for the stem" 403 1 403 57 parsed_2qh4 1
60 *alpha* 407 59 407 59 parsed_2qh4 1
61 *alpha* 412 59 412 59 parsed_2qh4 1
62 *alpha* 417 59 417 59 parsed_2qh4 1
63 *alpha* 422 59 422 59 parsed_2qh4 1
64 *alpha* 427 59 427 59 parsed_2qh4 1
65 *alpha* 432 59 432 59 parsed_2qh4 1
66 *alpha* 437 60 437 60 parsed_2qh4 1
67 *alpha* 442 60 442 60 parsed_2qh4 1
68 *alpha* 447 60 447 60 parsed_2qh4 1
69 *alpha* 452 59 452 59 parsed_2qh4 1
70 *alpha* 457 59 457 59 parsed_2qh4 1
71 *alpha* 462 59 462 59 parsed_2qh4 1
72 *beta* 467 59 467 59 parsed_2qh4 1
73 *beta* 472 59 472 59 parsed_2qh4 1
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99 *gamma* 602 59 602 59 parsed_2qh4 1
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102 *zeta* 617 59 617 59 parsed_2qh4 1
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loop_
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1
;
for $namin in (1 2 7 9 14 16) loop amino
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;
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2
;
end
end loop amino
!{* keep cytosine amino flat *}
for $namin2 in (3 5 17 18) loop amino2
restraints dihedral
scale= 1.0
;
18 1 27 11 parsed_2qh4 1
3
;
end
end loop amino2
!{* keep adenine amino flat *}
for $namin3 in (4 6 8 12) loop amino3
restraints dihedral
scale= 1.0
;
40 1 49 11 parsed_2qh4 1
4 end 62 1 62 3 parsed_2qh4 1
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save_
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