NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
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651681 |
6u79   |
30665 | cing | 2-parsed | STAR | entry | full | 946 |
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1 6u79.mr . . XPLOR/CNS 3 distance "hydrogen bond" simple 74 parsed_6u79 1
1 6u79.mr . . XPLOR/CNS 4 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 263 parsed_6u79 1
1 6u79.mr . . XPLOR/CNS 5 planarity "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_6u79 1
1 6u79.mr . . "MR format" 6 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_6u79 1
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_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER RNA 01-SEP-19 6U79
*TITLE NMR ASSIGNMENT AND RNA STRUCTURE OF 5' UTR REGION STEM LOOP FROM WEST
*TITLE 2 NILE VIRUS
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: 5' UTR REGION STEM LOOP;
*COMPND 3 CHAIN: A;
*COMPND 4 ENGINEERED: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 SYNTHETIC: YES;
*SOURCE 3 ORGANISM_SCIENTIFIC: WEST NILE VIRUS;
*SOURCE 4 ORGANISM_TAXID: 11082
*KEYWDS RNA, VIRUS, CHEMICAL SHIFT
*EXPDTA SOLUTION NMR
*NUMMDL 10
*AUTHOR S.SHARMA,G.VARANI
*REVDAT 1 26-AUG-20 6U79 0
;
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_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_6u79
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 2
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
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_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
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_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
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590 1 . . . . . 4.5 2.9 6.1 parsed_6u79 1
591 1 . . . . . 2.5 1.8 3.2 parsed_6u79 1
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598 1 . . . . . 2.5 1.8 3.2 parsed_6u79 1
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600 1 . . . . . 2.5 1.8 3.2 parsed_6u79 1
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609 1 . . . . . 3.5 2.3 4.7 parsed_6u79 1
stop_
loop_
_Dist_constraint_comment_org.ID
_Dist_constraint_comment_org.Comment_text
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_column
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_column
_Dist_constraint_comment_org.Entry_ID
_Dist_constraint_comment_org.Distance_constraint_list_ID
1
;
D2O
G1
;
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31 A31 499 1 499 5 parsed_6u79 1
32 G32 516 1 516 6 parsed_6u79 1
33 A33 532 1 532 6 parsed_6u79 1
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35 A35 571 1 571 5 parsed_6u79 1
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38
;
H2O
G2
;
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44 U8 672 1 672 4 parsed_6u79 1
45 G10 677 1 677 5 parsed_6u79 1
46 C11 683 1 683 5 parsed_6u79 1
47 C13 688 1 688 5 parsed_6u79 1
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49 U21 700 1 700 5 parsed_6u79 1
50 G23 706 1 706 5 parsed_6u79 1
51 C28 712 1 712 5 parsed_6u79 1
52 U29 717 1 717 5 parsed_6u79 1
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55 C36 732 1 732 5 parsed_6u79 1
stop_
loop_
_Dist_constraint_parse_err.ID
_Dist_constraint_parse_err.Content
_Dist_constraint_parse_err.Begin_line
_Dist_constraint_parse_err.Begin_column
_Dist_constraint_parse_err.End_line
_Dist_constraint_parse_err.End_column
_Dist_constraint_parse_err.Entry_ID
_Dist_constraint_parse_err.Distance_constraint_list_ID
1 "# Restraints file 1: NMR_Restraints" 1 1 1 35 parsed_6u79 1
stop_
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_3
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_6u79
_Distance_constraint_list.ID 2
_Distance_constraint_list.Constraint_type "hydrogen bond"
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 3
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
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2 1 . . . parsed_6u79 2
3 1 . . . parsed_6u79 2
4 1 . . . parsed_6u79 2
5 1 . . . parsed_6u79 2
6 1 . . . parsed_6u79 2
7 1 . . . parsed_6u79 2
8 1 . . . parsed_6u79 2
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10 1 . . . parsed_6u79 2
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13 1 . . . parsed_6u79 2
14 1 . . . parsed_6u79 2
15 1 . . . parsed_6u79 2
16 1 . . . parsed_6u79 2
17 1 . . . parsed_6u79 2
18 1 . . . parsed_6u79 2
19 1 . . . parsed_6u79 2
20 1 . . . parsed_6u79 2
21 1 . . . parsed_6u79 2
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23 1 . . . parsed_6u79 2
24 1 . . . parsed_6u79 2
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26 1 . . . parsed_6u79 2
27 1 . . . parsed_6u79 2
28 1 . . . parsed_6u79 2
29 1 . . . parsed_6u79 2
30 1 . . . parsed_6u79 2
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59 1 . . . parsed_6u79 2
60 1 . . . parsed_6u79 2
61 1 . . . parsed_6u79 2
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63 1 . . . parsed_6u79 2
64 1 . . . parsed_6u79 2
65 1 . . . parsed_6u79 2
66 1 . . . parsed_6u79 2
67 1 . . . parsed_6u79 2
68 1 . . . parsed_6u79 2
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70 1 . . . parsed_6u79 2
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72 1 . . . parsed_6u79 2
73 1 . . . parsed_6u79 2
74 1 . . . parsed_6u79 2
stop_
loop_
_Dist_constraint.Tree_node_member_constraint_ID
_Dist_constraint.Tree_node_member_node_ID
_Dist_constraint.Constraint_tree_node_member_ID
_Dist_constraint.Assembly_atom_ID
_Dist_constraint.Entity_assembly_ID
_Dist_constraint.Entity_ID
_Dist_constraint.Comp_index_ID
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_Dist_constraint.Auth_asym_ID
_Dist_constraint.Auth_seq_ID
_Dist_constraint.Auth_comp_ID
_Dist_constraint.Auth_atom_ID
_Dist_constraint.Entry_ID
_Dist_constraint.Distance_constraint_list_ID
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4 1 2 . . . . . . . . . 37 . N3 parsed_6u79 2
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5 1 2 . . . . . . . . . 37 . H41 parsed_6u79 2
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8 1 2 . . . . . . . . . 36 . N4 parsed_6u79 2
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9 1 2 . . . . . . . . . 36 . O2 parsed_6u79 2
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10 1 2 . . . . . . . . . 36 . N3 parsed_6u79 2
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20 1 2 . . . . . . . . . 34 . H61 parsed_6u79 2
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23 1 2 . . . . . . . . . 33 . N1 parsed_6u79 2
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33 1 2 . . . . . . . . . 31 . N1 parsed_6u79 2
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stop_
loop_
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1
;
Torsion angle restraints for sugar pucker in the
- WNV
Pucker is defined with ribose torsion angles nu1 and nu2.
nu1 = O4'-C1'-C2'-C3'
nu2 = C1'-C2'-C3'-C4'
"N" C3' endo:
nu1 = -20 +/- 10
nu2 = +35 +/- 5
"S" C2' endo:
nu1 = +35 +/- 10
nu2 = -35 +/- 5
See Saenger page 20.
C2' endo nucleotides (Judging from TOCSY): only if both H1'-H2'' and
H1'-H3' couplings both are strong (intensity of H1'-H3' even larger)
Xhi is defined as follows...
Purines = O4'-C1'-N9-C4
pyrimidine = O4'-C1'-N1-C2
Anti:
Xhi = 180.0 +/- 90.0
including high-anti and excluding high-syn :
Xhi = =-150 +/- 90.0
Syn: Xhi = 0.0 +/- 90.0
See Saenger page 22.
3' endo!
G1
;
1 1 37 11 parsed_6u79 1
2 G2 53 1 53 7 parsed_6u79 1
3 "backbone beta" 67 1 67 15 parsed_6u79 1
4 "backbone gama" 70 1 70 15 parsed_6u79 1
5 "backbone epsilon" 73 1 73 18 parsed_6u79 1
6 "backbone zeta" 76 1 76 15 parsed_6u79 1
7 U3 82 1 82 11 parsed_6u79 1
8 "backbone delta" 92 1 92 16 parsed_6u79 1
9 "backbone alpha" 97 1 97 16 parsed_6u79 1
10 "backbone beta" 100 1 100 15 parsed_6u79 1
11 "backbone gama" 103 1 103 15 parsed_6u79 1
12 "backbone epsilon" 106 1 106 18 parsed_6u79 1
13 "backbone zeta" 109 1 109 15 parsed_6u79 1
14 U4 114 1 114 11 parsed_6u79 1
15 "backbone alpha" 127 1 127 16 parsed_6u79 1
16 "backbone beta" 130 1 130 15 parsed_6u79 1
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18 "backbone epsilon" 136 1 136 18 parsed_6u79 1
19 "backbone zeta" 139 1 139 15 parsed_6u79 1
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21 "backbone alpha" 156 1 156 16 parsed_6u79 1
22 "backbone beta" 159 1 159 15 parsed_6u79 1
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25 "backbone zeta" 168 1 168 15 parsed_6u79 1
26 C6 173 1 173 11 parsed_6u79 1
27 "backbone alpha" 186 1 186 16 parsed_6u79 1
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30 "backbone epsilon" 195 1 195 18 parsed_6u79 1
31 "backbone zeta" 198 1 198 15 parsed_6u79 1
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33 "backbone alpha" 217 1 217 16 parsed_6u79 1
34 "backbone beta" 220 1 220 15 parsed_6u79 1
35 "backbone gama" 223 1 223 15 parsed_6u79 1
36 "backbone epsilon" 226 1 226 18 parsed_6u79 1
37 U8 231 1 231 11 parsed_6u79 1
38 "backbone alpha" 244 1 244 16 parsed_6u79 1
39 "backbone beta" 247 1 247 15 parsed_6u79 1
40 "backbone gama" 250 1 250 15 parsed_6u79 1
41 "backbone epsilon" 253 1 253 18 parsed_6u79 1
42 A9 258 1 258 11 parsed_6u79 1
43 "backbone alpha" 271 1 271 16 parsed_6u79 1
44 "backbone beta" 274 1 274 15 parsed_6u79 1
45 "backbone gama" 277 1 277 15 parsed_6u79 1
46 "backbone epsilon" 280 1 280 18 parsed_6u79 1
47 "backbone zeta" 283 1 283 15 parsed_6u79 1
48 G10 288 1 288 12 parsed_6u79 1
49 "backbone alpha" 301 1 301 16 parsed_6u79 1
50 "backbone beta" 304 1 304 15 parsed_6u79 1
51 "backbone gama" 307 1 307 15 parsed_6u79 1
52 "backbone epsilon" 310 1 310 18 parsed_6u79 1
53 "backbone zeta" 313 1 313 15 parsed_6u79 1
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56 "backbone beta" 335 1 335 15 parsed_6u79 1
57 "backbone gama" 338 1 338 15 parsed_6u79 1
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68 "backbone gama" 398 1 398 15 parsed_6u79 1
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92 "backbone gama" 525 1 525 15 parsed_6u79 1
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94 "backbone alpha" 545 1 545 16 parsed_6u79 1
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