NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | bmrb_id | cing | stage | program | type | subtype | item_count |
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40596 |
1vrc   |
4264 | cing | 2-parsed | STAR | entry | full | 834 |
data_1vrc_MR_file_constraints
save_Conversion_project
_Study_list.Sf_category study_list
_Study_list.Entry_ID parsed_1vrc
_Study_list.ID 1
loop_
_Study.ID
_Study.Name
_Study.Type
_Study.Details
_Study.Entry_ID
_Study.Study_list_ID
1 "Conversion project" NMR . parsed_1vrc 1
stop_
save_
save_entry_information
_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_1vrc
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
_Entry.Original_release_date .
_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 1vrc "Master copy" parsed_1vrc
stop_
save_
save_global_Org_file_characteristics
_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_1vrc
_Constraint_stat_list.ID 1
loop_
_Constraint_file.ID
_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
_Constraint_file.Software_label
_Constraint_file.Software_name
_Constraint_file.Block_ID
_Constraint_file.Constraint_type
_Constraint_file.Constraint_subtype
_Constraint_file.Constraint_subsubtype
_Constraint_file.Constraint_number
_Constraint_file.Entry_ID
_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 1vrc.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1vrc 1
1 1vrc.mr . . n/a 2 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1vrc 1
1 1vrc.mr . . XPLOR/CNS 3 distance NOE simple 328 parsed_1vrc 1
1 1vrc.mr . . n/a 4 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1vrc 1
1 1vrc.mr . . XPLOR/CNS 5 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 58 parsed_1vrc 1
1 1vrc.mr . . n/a 6 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1vrc 1
1 1vrc.mr . . XPLOR/CNS 7 "dipolar coupling" "Not applicable" "Not applicable" 448 parsed_1vrc 1
1 1vrc.mr . . "MR format" 8 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1vrc 1
stop_
save_
save_MR_file_comment_1
_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_1vrc
_Org_constr_file_comment.ID 1
_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 1
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER TRANSFERASE 21-FEB-05 1VRC
*TITLE COMPLEX OF ENZYME IIAMANNOSE AND THE HISTIDINE-CONTAINING
*TITLE 2 PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR FROM ESCHERICHIA COLI NMR,
*TITLE 3 RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: PTS SYSTEM, MANNOSE-SPECIFIC IIAB COMPONENT;
*COMPND 3 CHAIN: A, B;
*COMPND 4 FRAGMENT: EIIA DOMAIN;
*COMPND 5 SYNONYM: EIIAB-MAN, MANNOSE-PERMEASE IIAB COMPONENT,
*COMPND 6 PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME II, AB COMPONENT, EIII-MAN;
*COMPND 7 EC: 2.7.1.69;
*COMPND 8 ENGINEERED: YES;
*COMPND 9 MOL_ID: 2;
*COMPND 10 MOLECULE: PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR;
*COMPND 11 CHAIN: C, D;
*COMPND 12 SYNONYM: HISTIDINE-CONTAINING PROTEIN;
*COMPND 13 ENGINEERED: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: ESCHERICHIA COLI;
*SOURCE 3 ORGANISM_COMMON: BACTERIA;
*SOURCE 4 GENE: MANX, GPTB, PTSL;
*SOURCE 5 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;
*SOURCE 6 EXPRESSION_SYSTEM_COMMON: BACTERIA;
*SOURCE 7 MOL_ID: 2;
*SOURCE 8 ORGANISM_SCIENTIFIC: ESCHERICHIA COLI;
*SOURCE 9 ORGANISM_COMMON: BACTERIA;
*SOURCE 10 GENE: PTSH, HPR;
*SOURCE 11 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;
*SOURCE 12 EXPRESSION_SYSTEM_COMMON: BACTERIA
*KEYWDS PHOSPHOTRANSFERASE, TRANSFERASE, KINASE, SUGAR TRANSPORT,
*KEYWDS 2 COMPLEX (TRANSFERASE/PHOSPHOCARRIER)
*EXPDTA NMR, RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE
*AUTHOR G.M.CLORE, D.C.WILLIAMS
*REVDAT 1 19-APR-05 1VRC 0
! CHAIN A: SUBUNIT A OF IIAMAN (RESIDUES 2-130 AND SEGID A)
! CHAIN B: SUBUNIT B OF IIAMAN (RESIDUES 2-130 AND SEGID B)
! CHAIN C: MOLECULE 1 OF HPR (RESIDUES 201-285 AND SEGID C)
! CHAIN D: MOLECULE 2 OF HPR (RESIDUES 201-285 AND SEGID D)
;
save_
save_MR_file_comment_2
_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_1vrc
_Org_constr_file_comment.ID 2
_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 2
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
A. NOES
;
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_3
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_1vrc
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 3
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_1vrc 1
2 1 . . . parsed_1vrc 1
3 1 . . . parsed_1vrc 1
4 1 . . . parsed_1vrc 1
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14 1 . . . parsed_1vrc 1
15 1 . . . parsed_1vrc 1
16 1 . . . parsed_1vrc 1
17 1 . . . parsed_1vrc 1
18 1 . . . parsed_1vrc 1
19 1 . . . parsed_1vrc 1
20 1 . . . parsed_1vrc 1
21 1 . . . parsed_1vrc 1
22 1 . . . parsed_1vrc 1
23 1 . . . parsed_1vrc 1
24 1 . . . parsed_1vrc 1
25 1 . . . parsed_1vrc 1
26 1 . . . parsed_1vrc 1
27 1 . . . parsed_1vrc 1
28 1 . . . parsed_1vrc 1
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40 1 . . . parsed_1vrc 1
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43 1 . . . parsed_1vrc 1
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45 1 . . . parsed_1vrc 1
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49 1 . . . parsed_1vrc 1
50 1 . . . parsed_1vrc 1
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85 1 . . . parsed_1vrc 1
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87 1 . . . parsed_1vrc 1
88 1 . . . parsed_1vrc 1
89 1 . . . parsed_1vrc 1
90 1 . . . parsed_1vrc 1
91 1 . . . parsed_1vrc 1
92 1 . . . parsed_1vrc 1
93 1 . . . parsed_1vrc 1
94 1 . . . parsed_1vrc 1
95 1 . . . parsed_1vrc 1
96 1 . . . parsed_1vrc 1
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98 1 . . . parsed_1vrc 1
99 1 . . . parsed_1vrc 1
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101 1 . . . parsed_1vrc 1
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131 1 . . . parsed_1vrc 1
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135 1 . . . parsed_1vrc 1
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_Dist_constraint.Tree_node_member_constraint_ID
_Dist_constraint.Tree_node_member_node_ID
_Dist_constraint.Constraint_tree_node_member_ID
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235 1 2 . . . . . . . . B 103 . HG# parsed_1vrc 1
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236 1 2 . . . . . . . . B 103 . HN parsed_1vrc 1
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241 1 2 . . . . . . . . B 121 . HN parsed_1vrc 1
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250 1 1 . . . . . . . . B 127 . HG# parsed_1vrc 1
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251 1 1 . . . . . . . . C 206 . HG* parsed_1vrc 1
251 1 2 . . . . . . . . C 207 . HN parsed_1vrc 1
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252 1 2 . . . . . . . . C 212 . HD2# parsed_1vrc 1
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253 1 2 . . . . . . . . C 212 . HN parsed_1vrc 1
254 1 1 . . . . . . . . C 212 . HA parsed_1vrc 1
254 1 2 . . . . . . . . C 213 . HN parsed_1vrc 1
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328 1 2 . . . . . . . . D 252 . HN parsed_1vrc 1
stop_
loop_
_Dist_constraint_value.Constraint_ID
_Dist_constraint_value.Tree_node_ID
_Dist_constraint_value.Source_experiment_ID
_Dist_constraint_value.Spectral_peak_ID
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_Dist_constraint_value.Entry_ID
_Dist_constraint_value.Distance_constraint_list_ID
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INTERMOLECULAR IIAMANNOSE-HPR NOES
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NOES WITHIN IIAMANNOSE
H10
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NOES WITHIN HPR
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A220
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F222
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V223
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K224
;
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;
A.66 at 1.97e+05
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F248
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B. INTERFACIAL SIDECHAIN TORSION ANGLE RESTRAINTS
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55 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40.0 80.0 . D 215 . n D 215 . ca D 215 . cb D 215 . cg parsed_1vrc 1
56 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60.0 120.0 . D 215 . ca D 215 . cb D 215 . cg D 215 . nd1 parsed_1vrc 1
57 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155.0 205.0 . D 248 . n D 248 . ca D 248 . cb D 248 . cg parsed_1vrc 1
58 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60.0 120.0 . D 248 . ca D 248 . cb D 248 . cg D 248 . cd1 parsed_1vrc 1
stop_
loop_
_TA_constraint_comment_org.ID
_TA_constraint_comment_org.Comment_text
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_TA_constraint_comment_org.Comment_begin_column
_TA_constraint_comment_org.Comment_end_line
_TA_constraint_comment_org.Comment_end_column
_TA_constraint_comment_org.Entry_ID
_TA_constraint_comment_org.Torsion_angle_constraint_list_ID
1
;
IIAMAN
M23 Chi-1
;
2 1 3 12 parsed_1vrc 1
2 "L24 Chi-1" 7 1 7 12 parsed_1vrc 1
3 "L24 Chi-2" 10 1 10 12 parsed_1vrc 1
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19 "E120 Chi-1" 72 1 72 13 parsed_1vrc 1
20 "E124 Chi-1" 76 1 76 13 parsed_1vrc 1
21 "W69 Chi-1" 80 1 80 12 parsed_1vrc 1
22 "F36 Chi-1" 85 1 85 12 parsed_1vrc 1
23
;
F36 Chi-2
assign (segid A and resid 36 and name ca ) (segid A and resid 36 and name cb )
(segid A and resid 36 and name cg ) (segid A and resid 36 and name cd1 ) 1.0 90.0 30.0 2
F74 Chi-1
;
88 1 93 12 parsed_1vrc 1
24 "F74 Chi-2" 96 1 96 12 parsed_1vrc 1
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26 "H10 Chi-2" 105 1 105 12 parsed_1vrc 1
27
;
W12 Chi-1
assign (segid B and resid 12 and name n ) (segid B and resid 12 and name ca )
(segid B and resid 12 and name cb ) (segid B and resid 12 and name cg ) 1.0 -60.0 20.0 2
W33 Chi-1
assign (segid B and resid 33 and name n ) (segid B and resid 33 and name ca )
(segid B and resid 33 and name cb ) (segid B and resid 33 and name cg ) 1.0 60.0 20.0 2
W69 Chi-1
;
109 1 117 12 parsed_1vrc 1
28 "F36 Chi-1" 122 1 122 12 parsed_1vrc 1
29
;
F36 Chi-2
assign (segid B and resid 36 and name ca ) (segid B and resid 36 and name cb )
(segid B and resid 36 and name cg ) (segid B and resid 36 and name cd1 ) 1.0 90.0 30.0 2
F74 Chi-1
;
125 1 130 12 parsed_1vrc 1
30 "F74 Chi-2" 133 1 133 12 parsed_1vrc 1
31 "H10 Chi-1" 138 1 138 12 parsed_1vrc 1
32 "H10 Chi-2" 142 1 142 12 parsed_1vrc 1
33
;
HPR
R217 Chi-1
;
146 1 148 13 parsed_1vrc 1
34 "V223 Chi-1" 152 1 152 13 parsed_1vrc 1
35 "K224 Chi-1" 156 1 156 13 parsed_1vrc 1
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39 "K249 Chi-1" 171 1 171 13 parsed_1vrc 1
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stop_
save_
save_MR_file_comment_6
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_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_1vrc
_Org_constr_file_comment.ID 4
_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 6
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
C. RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS (DANH = -28.2 HZ, RHOMBICITY=0.1)
;
save_
save_CNS/XPLOR_dipolar_coupling_7
_RDC_constraint_list.Sf_category RDC_constraints
_RDC_constraint_list.Entry_ID parsed_1vrc
_RDC_constraint_list.ID 1
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_RDC_constraint_list.Block_ID 7
_RDC_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_RDC_constraint.ID
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_RDC_constraint.Seq_ID_2
_RDC_constraint.Comp_ID_2
_RDC_constraint.Atom_ID_2
_RDC_constraint.Resonance_ID_2
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_RDC_constraint.Source_experiment_ID
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stop_
loop_
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1 "IIMAN FULLY SATURATED WITH HPR (2 MOLECULES OF HPR PER IIAMAN DIMER)" 2 1 2 70 parsed_1vrc 1
2
;
BACK-CALCULATED DIPOLAR COUPLINGS FOR HPR FULLY BOUND TO IIAMAN (TWO MOLECULES
OF HPR PER IIAMAN DIMER).
BACK-CALCULATED FROM THE EXPERIMENTAL DIPOLAR COUPLINGS MEASURED FOR A SAMPLE WITH HPR IN THREE-FOLD
MOLAR EXCESS OVER BINDING SITES ON IIAMAN AND THE EXPERIMENTAL DIPOLAR COUPLINGS
MEASURED FOR A SAMPLE FREE HPR USING THE SAME LIQUID CRYSTALLINE MEDIUM.
;
1292 1 1296 74 parsed_1vrc 1
3
;
BACK_CALCULATED DIPOLAR COUPLINGS FOR HPR FULLY BOUND TO IIAMAN (TWO MOLECULES
OF HPR PER IIAMAN DIMER).
BACK-CALCULATED FROM EXPERIMENTAL DIPOLAR COUPLINGS MEASURED FOR A SAMPLE WITH HPR IN THREE-FOLD
MOLAR EXCESS OVER BINDING SITES ON IIAMAN AND THE CALCULATED DIPOLAR COUPLINGS FOR FREE HPR
DERIVED BY SINGULAR VALUE DECOMPOSITION FROM THE EXPERIMENTAL VALUES FOR FREE HPR AND THE X-RAY COORDINATES
OF FREE HPR USING THE SAME LIQUID CRYSTALLINE MEDIUM.
;
2226 1 2231 55 parsed_1vrc 1
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