NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
|
Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | bmrb_id | cing | in_recoord | in_dress | stage | program | type | subtype | item_count |
|
|
31745 |
1ezo   |
4986 | cing | recoord | dress | 2-parsed | STAR | entry | full | 2499 |
data_1ezo_MR_file_constraints
save_Conversion_project
_Study_list.Sf_category study_list
_Study_list.Entry_ID parsed_1ezo
_Study_list.ID 1
loop_
_Study.ID
_Study.Name
_Study.Type
_Study.Details
_Study.Entry_ID
_Study.Study_list_ID
1 "Conversion project" NMR . parsed_1ezo 1
stop_
save_
save_entry_information
_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_1ezo
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
_Entry.Original_release_date .
_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 1ezo "Master copy" parsed_1ezo
stop_
save_
save_global_Org_file_characteristics
_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_1ezo
_Constraint_stat_list.ID 1
loop_
_Constraint_file.ID
_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
_Constraint_file.Software_label
_Constraint_file.Software_name
_Constraint_file.Block_ID
_Constraint_file.Constraint_type
_Constraint_file.Constraint_subtype
_Constraint_file.Constraint_subsubtype
_Constraint_file.Constraint_number
_Constraint_file.Entry_ID
_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 1ezo.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1ezo 1
1 1ezo.mr . . XPLOR/CNS 2 distance NOE simple 25 parsed_1ezo 1
1 1ezo.mr . . n/a 3 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1ezo 1
1 1ezo.mr . . XPLOR/CNS 4 distance NOE simple 803 parsed_1ezo 1
1 1ezo.mr . . n/a 5 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1ezo 1
1 1ezo.mr . . XPLOR/CNS 6 distance NOE simple 753 parsed_1ezo 1
1 1ezo.mr . . n/a 7 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1ezo 1
1 1ezo.mr . . XPLOR/CNS 8 distance NOE simple 362 parsed_1ezo 1
1 1ezo.mr . . n/a 9 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1ezo 1
1 1ezo.mr . . XPLOR/CNS 10 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 556 parsed_1ezo 1
1 1ezo.mr . . "MR format" 11 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1ezo 1
stop_
save_
save_MR_file_comment_1
_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_1ezo
_Org_constr_file_comment.ID 1
_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 1
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER SUGAR BINDING PROTEIN 11-MAY-00 1EZO
*TITLE GLOBAL FOLD OF MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH
*TITLE 2 BETA-CYCLODEXTRIN
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN;
*COMPND 3 CHAIN: A;
*COMPND 4 SYNONYM: MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN;
*COMPND 5 ENGINEERED: YES;
*COMPND 6 MUTATION: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: ESCHERICHIA COLI;
*SOURCE 3 ORGANISM_COMMON: BACTERIA;
*SOURCE 4 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;
*SOURCE 5 EXPRESSION_SYSTEM_COMMON: BACTERIA;
*SOURCE 6 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: BL21;
*SOURCE 7 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: PLASMID;
*SOURCE 8 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PBR322
*KEYWDS MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN, MBP, DEUTERATION, METHYL
*KEYWDS 2 LABELING
*EXPDTA NMR, 10 STRUCTURES
*AUTHOR G.A.MUELLER, W.Y.CHOY, D.YANG, J.D.FORMAN-KAY, R.A.VENTERS,
*AUTHOR 2 L.E.KAY
*REVDAT 1 03-MAY-01 1EZO 0
! A reexamination of a few residues for which there seem to folded assignments
!
;
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_2
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_1ezo
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 2
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_1ezo 1
2 1 . . . parsed_1ezo 1
3 1 . . . parsed_1ezo 1
4 1 . . . parsed_1ezo 1
5 1 . . . parsed_1ezo 1
6 1 . . . parsed_1ezo 1
7 1 . . . parsed_1ezo 1
8 1 . . . parsed_1ezo 1
9 1 . . . parsed_1ezo 1
10 1 . . . parsed_1ezo 1
11 1 . . . parsed_1ezo 1
12 1 . . . parsed_1ezo 1
13 1 . . . parsed_1ezo 1
14 1 . . . parsed_1ezo 1
15 1 . . . parsed_1ezo 1
16 1 . . . parsed_1ezo 1
17 1 . . . parsed_1ezo 1
18 1 . . . parsed_1ezo 1
19 1 . . . parsed_1ezo 1
20 1 . . . parsed_1ezo 1
21 1 . . . parsed_1ezo 1
22 1 . . . parsed_1ezo 1
23 1 . . . parsed_1ezo 1
24 1 . . . parsed_1ezo 1
25 1 . . . parsed_1ezo 1
stop_
loop_
_Dist_constraint.Tree_node_member_constraint_ID
_Dist_constraint.Tree_node_member_node_ID
_Dist_constraint.Constraint_tree_node_member_ID
_Dist_constraint.Assembly_atom_ID
_Dist_constraint.Entity_assembly_ID
_Dist_constraint.Entity_ID
_Dist_constraint.Comp_index_ID
_Dist_constraint.Seq_ID
_Dist_constraint.Comp_ID
_Dist_constraint.Atom_ID
_Dist_constraint.Resonance_ID
_Dist_constraint.Auth_asym_ID
_Dist_constraint.Auth_seq_ID
_Dist_constraint.Auth_comp_ID
_Dist_constraint.Auth_atom_ID
_Dist_constraint.Entry_ID
_Dist_constraint.Distance_constraint_list_ID
1 1 1 . . . . . . . . . 101 . hn parsed_1ezo 1
1 1 2 . . . . . . . . . 102 . hn parsed_1ezo 1
2 1 1 . . . . . . . . . 101 . hn parsed_1ezo 1
2 1 2 . . . . . . . . . 99 . hn parsed_1ezo 1
3 1 1 . . . . . . . . . 165 . hn parsed_1ezo 1
3 1 2 . . . . . . . . . 164 . hn parsed_1ezo 1
4 1 1 . . . . . . . . . 165 . hn parsed_1ezo 1
4 1 2 . . . . . . . . . 163 . hn parsed_1ezo 1
5 1 1 . . . . . . . . . 165 . hn parsed_1ezo 1
5 1 2 . . . . . . . . . 166 . hn parsed_1ezo 1
6 1 1 . . . . . . . . . 165 . hn parsed_1ezo 1
6 1 2 . . . . . . . . . 162 . hn parsed_1ezo 1
7 1 1 . . . . . . . . . 174 . hn parsed_1ezo 1
7 1 2 . . . . . . . . . 172 . hn parsed_1ezo 1
8 1 1 . . . . . . . . . 174 . hn parsed_1ezo 1
8 1 2 . . . . . . . . . 176 . hn parsed_1ezo 1
9 1 1 . . . . . . . . . 174 . hn parsed_1ezo 1
9 1 2 . . . . . . . . . 175 . hn parsed_1ezo 1
10 1 1 . . . . . . . . . 252 . hn parsed_1ezo 1
10 1 2 . . . . . . . . . 250 . hn parsed_1ezo 1
11 1 1 . . . . . . . . . 252 . hn parsed_1ezo 1
11 1 2 . . . . . . . . . 253 . hn parsed_1ezo 1
12 1 1 . . . . . . . . . 252 . hn parsed_1ezo 1
12 1 2 . . . . . . . . . 251 . hn parsed_1ezo 1
13 1 1 . . . . . . . . . 252 . hn parsed_1ezo 1
13 1 2 . . . . . . . . . 249 . hn parsed_1ezo 1
14 1 1 . . . . . . . . . 262 . hn parsed_1ezo 1
14 1 2 . . . . . . . . . 108 . hn parsed_1ezo 1
15 1 1 . . . . . . . . . 262 . hn parsed_1ezo 1
15 1 2 . . . . . . . . . 109 . hn parsed_1ezo 1
16 1 1 . . . . . . . . . 262 . hn parsed_1ezo 1
16 1 2 . . . . . . . . . 111 . hn parsed_1ezo 1
17 1 1 . . . . . . . . . 262 . hn parsed_1ezo 1
17 1 2 . . . . . . . . . 263 . hn parsed_1ezo 1
18 1 1 . . . . . . . . . 262 . hn parsed_1ezo 1
18 1 2 . . . . . . . . . 261 . hn parsed_1ezo 1
19 1 1 . . . . . . . . . 300 . hn parsed_1ezo 1
19 1 2 . . . . . . . . . 299 . hn parsed_1ezo 1
20 1 1 . . . . . . . . . 262 . hn parsed_1ezo 1
20 1 2 . . . . . . . . . 261 . hg1# parsed_1ezo 1
21 1 1 . . . . . . . . . 262 . hn parsed_1ezo 1
21 1 2 . . . . . . . . . 261 . hg2# parsed_1ezo 1
22 1 1 . . . . . . . . . 262 . hn parsed_1ezo 1
22 1 2 . . . . . . . . . 110 . hg1# parsed_1ezo 1
23 1 1 . . . . . . . . . 262 . hn parsed_1ezo 1
23 1 2 . . . . . . . . . 262 . hd2# parsed_1ezo 1
24 1 1 . . . . . . . . . 300 . hn parsed_1ezo 1
24 1 2 . . . . . . . . . 317 . hd1# parsed_1ezo 1
25 1 1 . . . . . . . . . 300 . hn parsed_1ezo 1
25 1 2 . . . . . . . . . 302 . hg1# parsed_1ezo 1
stop_
loop_
_Dist_constraint_value.Constraint_ID
_Dist_constraint_value.Tree_node_ID
_Dist_constraint_value.Source_experiment_ID
_Dist_constraint_value.Spectral_peak_ID
_Dist_constraint_value.Intensity_val
_Dist_constraint_value.Intensity_lower_val_err
_Dist_constraint_value.Intensity_upper_val_err
_Dist_constraint_value.Distance_val
_Dist_constraint_value.Distance_lower_bound_val
_Dist_constraint_value.Distance_upper_bound_val
_Dist_constraint_value.Entry_ID
_Dist_constraint_value.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . . . 1.8 1.8 3.0 parsed_1ezo 1
2 1 . . . . . 1.8 1.8 7.0 parsed_1ezo 1
3 1 . . . . . 1.8 1.8 3.0 parsed_1ezo 1
4 1 . . . . . 1.8 1.8 7.0 parsed_1ezo 1
5 1 . . . . . 1.8 1.8 5.0 parsed_1ezo 1
6 1 . . . . . 1.8 1.8 7.0 parsed_1ezo 1
7 1 . . . . . 1.8 1.8 5.0 parsed_1ezo 1
8 1 . . . . . 1.8 1.8 7.0 parsed_1ezo 1
9 1 . . . . . 1.8 1.8 3.0 parsed_1ezo 1
10 1 . . . . . 1.8 1.8 3.0 parsed_1ezo 1
11 1 . . . . . 1.8 1.8 3.0 parsed_1ezo 1
12 1 . . . . . 1.8 1.8 3.0 parsed_1ezo 1
13 1 . . . . . 1.8 1.8 7.0 parsed_1ezo 1
14 1 . . . . . 1.8 1.8 3.0 parsed_1ezo 1
15 1 . . . . . 1.8 1.8 3.0 parsed_1ezo 1
16 1 . . . . . 1.8 1.8 5.0 parsed_1ezo 1
17 1 . . . . . 1.8 1.8 7.0 parsed_1ezo 1
18 1 . . . . . 1.8 1.8 7.0 parsed_1ezo 1
19 1 . . . . . 1.8 1.8 3.0 parsed_1ezo 1
20 1 . . . . . 1.8 1.8 9.0 parsed_1ezo 1
21 1 . . . . . 1.8 1.8 9.0 parsed_1ezo 1
22 1 . . . . . 1.8 1.8 9.0 parsed_1ezo 1
23 1 . . . . . 1.8 1.8 9.0 parsed_1ezo 1
24 1 . . . . . 1.8 1.8 9.0 parsed_1ezo 1
25 1 . . . . . 1.8 1.8 9.0 parsed_1ezo 1
stop_
loop_
_Dist_constraint_comment_org.ID
_Dist_constraint_comment_org.Comment_text
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_column
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_column
_Dist_constraint_comment_org.Entry_ID
_Dist_constraint_comment_org.Distance_constraint_list_ID
1 "intense peak" 1 63 1 77 parsed_1ezo 1
2 "intense peak" 3 63 3 77 parsed_1ezo 1
3 "intense peak" 9 63 9 77 parsed_1ezo 1
4 "intense peak" 10 63 10 77 parsed_1ezo 1
5 "intense peak" 11 63 11 77 parsed_1ezo 1
6 "intense peak" 12 63 12 77 parsed_1ezo 1
7 "intense peak" 14 63 14 77 parsed_1ezo 1
8
;
intense peak
Not confident in these two
assi (resi 300 and name hn )(resi 311 and name hn ) 1.8 0 5.2
assi (resi 300 and name hn )(resi 314 and name hn ) 1.8 0 5.2
Met-amide peaks
;
19 63 24 18 parsed_1ezo 1
9 hcnh_noe_peaklist.2029 25 65 25 89 parsed_1ezo 1
10 hcnh_noe_peaklist.2027 26 65 26 89 parsed_1ezo 1
11 hcnh_noe_peaklist.2026 27 65 27 89 parsed_1ezo 1
12 hcnh_noe_peaklist.2020 28 65 28 89 parsed_1ezo 1
13 hcnh_noe_peaklist.551 29 65 29 88 parsed_1ezo 1
14 hcnh_noe_peaklist.541 30 65 30 88 parsed_1ezo 1
stop_
save_
save_MR_file_comment_3
_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_1ezo
_Org_constr_file_comment.ID 2
_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 3
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment "set message=off echo=off end"
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_4
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_1ezo
_Distance_constraint_list.ID 2
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 4
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_1ezo 2
2 1 . . . parsed_1ezo 2
3 1 . . . parsed_1ezo 2
4 1 . . . parsed_1ezo 2
5 1 . . . parsed_1ezo 2
6 1 . . . parsed_1ezo 2
7 1 . . . parsed_1ezo 2
8 1 . . . parsed_1ezo 2
9 1 . . . parsed_1ezo 2
10 1 . . . parsed_1ezo 2
11 1 . . . parsed_1ezo 2
12 1 . . . parsed_1ezo 2
13 1 . . . parsed_1ezo 2
14 1 . . . parsed_1ezo 2
15 1 . . . parsed_1ezo 2
16 1 . . . parsed_1ezo 2
17 1 . . . parsed_1ezo 2
18 1 . . . parsed_1ezo 2
19 1 . . . parsed_1ezo 2
20 1 . . . parsed_1ezo 2
21 1 . . . parsed_1ezo 2
22 1 . . . parsed_1ezo 2
23 1 . . . parsed_1ezo 2
24 1 . . . parsed_1ezo 2
25 1 . . . parsed_1ezo 2
26 1 . . . parsed_1ezo 2
27 1 . . . parsed_1ezo 2
28 1 . . . parsed_1ezo 2
29 1 . . . parsed_1ezo 2
30 1 . . . parsed_1ezo 2
31 1 . . . parsed_1ezo 2
32 1 . . . parsed_1ezo 2
33 1 . . . parsed_1ezo 2
34 1 . . . parsed_1ezo 2
35 1 . . . parsed_1ezo 2
36 1 . . . parsed_1ezo 2
37 1 . . . parsed_1ezo 2
38 1 . . . parsed_1ezo 2
39 1 . . . parsed_1ezo 2
40 1 . . . parsed_1ezo 2
41 1 . . . parsed_1ezo 2
42 1 . . . parsed_1ezo 2
43 1 . . . parsed_1ezo 2
44 1 . . . parsed_1ezo 2
45 1 . . . parsed_1ezo 2
46 1 . . . parsed_1ezo 2
47 1 . . . parsed_1ezo 2
48 1 . . . parsed_1ezo 2
49 1 . . . parsed_1ezo 2
50 1 . . . parsed_1ezo 2
51 1 . . . parsed_1ezo 2
52 1 . . . parsed_1ezo 2
53 1 . . . parsed_1ezo 2
54 1 . . . parsed_1ezo 2
55 1 . . . parsed_1ezo 2
56 1 . . . parsed_1ezo 2
57 1 . . . parsed_1ezo 2
58 1 . . . parsed_1ezo 2
59 1 . . . parsed_1ezo 2
60 1 . . . parsed_1ezo 2
61 1 . . . parsed_1ezo 2
62 1 . . . parsed_1ezo 2
63 1 . . . parsed_1ezo 2
64 1 . . . parsed_1ezo 2
65 1 . . . parsed_1ezo 2
66 1 . . . parsed_1ezo 2
67 1 . . . parsed_1ezo 2
68 1 . . . parsed_1ezo 2
69 1 . . . parsed_1ezo 2
70 1 . . . parsed_1ezo 2
71 1 . . . parsed_1ezo 2
72 1 . . . parsed_1ezo 2
73 1 . . . parsed_1ezo 2
74 1 . . . parsed_1ezo 2
75 1 . . . parsed_1ezo 2
76 1 . . . parsed_1ezo 2
77 1 . . . parsed_1ezo 2
78 1 . . . parsed_1ezo 2
79 1 . . . parsed_1ezo 2
80 1 . . . parsed_1ezo 2
81 1 . . . parsed_1ezo 2
82 1 . . . parsed_1ezo 2
83 1 . . . parsed_1ezo 2
84 1 . . . parsed_1ezo 2
85 1 . . . parsed_1ezo 2
86 1 . . . parsed_1ezo 2
87 1 . . . parsed_1ezo 2
88 1 . . . parsed_1ezo 2
89 1 . . . parsed_1ezo 2
90 1 . . . parsed_1ezo 2
91 1 . . . parsed_1ezo 2
92 1 . . . parsed_1ezo 2
93 1 . . . parsed_1ezo 2
94 1 . . . parsed_1ezo 2
95 1 . . . parsed_1ezo 2
96 1 . . . parsed_1ezo 2
97 1 . . . parsed_1ezo 2
98 1 . . . parsed_1ezo 2
99 1 . . . parsed_1ezo 2
100 1 . . . parsed_1ezo 2
101 1 . . . parsed_1ezo 2
102 1 . . . parsed_1ezo 2
103 1 . . . parsed_1ezo 2
104 1 . . . parsed_1ezo 2
105 1 . . . parsed_1ezo 2
106 1 . . . parsed_1ezo 2
107 1 . . . parsed_1ezo 2
108 1 . . . parsed_1ezo 2
109 1 . . . parsed_1ezo 2
110 1 . . . parsed_1ezo 2
111 1 . . . parsed_1ezo 2
112 1 . . . parsed_1ezo 2
113 1 . . . parsed_1ezo 2
114 1 . . . parsed_1ezo 2
115 1 . . . parsed_1ezo 2
116 1 . . . parsed_1ezo 2
117 1 . . . parsed_1ezo 2
118 1 . . . parsed_1ezo 2
119 1 . . . parsed_1ezo 2
120 1 . . . parsed_1ezo 2
121 1 . . . parsed_1ezo 2
122 1 . . . parsed_1ezo 2
123 1 . . . parsed_1ezo 2
124 1 . . . parsed_1ezo 2
125 1 . . . parsed_1ezo 2
126 1 . . . parsed_1ezo 2
127 1 . . . parsed_1ezo 2
128 1 . . . parsed_1ezo 2
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loop_
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1
;
Peak assignments all double checked GM 080399
Third round of using the structure to aid in the assignment of NOEs
;
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348 "peak 5940" 349 69 349 81 parsed_1ezo 4
349
;
peak 5978
tryptophan noes, determined for the few trps that could be assigned
Probably should calibrate these, but don't have a good way of
quickly grabbing the intensity
;
350 69 353 33 parsed_1ezo 4
stop_
save_
save_MR_file_comment_9
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_Org_constr_file_comment.Block_ID 9
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
! Talos Database predictions rerun by GM 030399
! Chemical shifts corrected for deuteration HVIL labeling
! Talos recompiled without mbp in database.
{* PHI restraints from Luginbuehl et al., JMR B 109(1995):229-233 *}
{* Helix: -120...-20 = -70.0 50.0 2 *}
{* Sheet: 160...180...-80 = -140.0 60.0 2 *}
{* PSI restraints --- see note above *}
{* Helix: -100...0 = -50.0 50.0 2 *}
{* Sheet: 40.0...180.0...-140.0 = 130.0 90.0 2 *}
Talos predictions take precedance.
;
save_
save_CNS/XPLOR_dihedral_10
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_Torsion_angle_constraint_list.Block_ID 10
_Torsion_angle_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
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