NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | cing | stage | program | type | subtype | item_count |
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32652 |
1ghj   |
cing | 2-parsed | STAR | entry | full | 645 |
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1 "Conversion project" NMR . parsed_1ghj 1
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_Entry.Sf_category entry_information
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PDB 1ghj "Master copy" parsed_1ghj
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1 1ghj.mr . . XPLOR/CNS 2 distance NOE simple 550 parsed_1ghj 1
1 1ghj.mr . . XPLOR/CNS 3 distance "hydrogen bond" simple 30 parsed_1ghj 1
1 1ghj.mr . . n/a 4 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1ghj 1
1 1ghj.mr . . XPLOR/CNS 5 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 65 parsed_1ghj 1
1 1ghj.mr . . n/a 6 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1ghj 1
1 1ghj.mr . . "MR format" 7 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_1ghj 1
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_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_1ghj
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_Org_constr_file_comment.Block_ID 1
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER ACYLTRANSFERASE 16-JAN-96 1GHJ
*TITLE SOLUTION STRUCTURE OF THE LIPOYL DOMAIN OF THE
*TITLE 2 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE COMPLEX FROM AZOTOBACTER
*TITLE 3 VINELAND II, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: E2, THE DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE
*COMPND 3 COMPONENT OF 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE COMPLEX;
*COMPND 4 CHAIN: NULL;
*COMPND 5 FRAGMENT: LIPOYL DOMAIN, RESIDUES 1-79;
*COMPND 6 SYNONYM: E2;
*COMPND 7 EC: 2.3.1.61;
*COMPND 8 ENGINEERED: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: AZOTOBACTER VINELANDII;
*SOURCE 3 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI
*KEYWDS GLYCOLYSIS, TRANSFERASE, ACYLTRANSFERASE, LIPOYL
*EXPDTA NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
*AUTHOR A.BERG,J.VERVOORT,A.DE KOK
*REVDAT 1 11-JAN-97 1GHJ 0
This file contains the experimental data (NOE distance constraints,
hydrogen bond distance constraints, and dihedral angle constraints)
for the determination of the three-dimensional solution structure
of the lipoyl domain of the dihydrolipoamide succinyltransferase
component of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex from Azotobacter
vinelandii.
The method used to determine the solution structures of the lipoyl domain
is the hybrid distance geometry-dynamical simulated annealing calculation
strategy of Nilges et al. (1988) FEBS Lett. 229, 317-324.
X-PLOR version 3.1 was used for the structure calculation.
NOEs are grouped into strong, medium and weak categories,
corresponding to upper-bound interproton distance constraints
of 2.7, 3.3, and 5.0 A, respectively. An additional 0.5 A is added
to the upper limits for distances involving methyl groups.
In all cases, the lower-bound distance constraint is set to 1.8 A,
the approximate sum of the van der Waals radii. NOEs which partially
overlapped in the spectra were conservatively assigned an upper
bound constraint of 5.0 A if their intensity grouping was ambiguous.
The standard pseudoatom corrections (Wuthrich et al., 1983) are
applied to methyl groups, degenerate diastereotopic hydrogen atoms,
and diastereotopic hydrogen groups for which only one NOE was observed.
For stereospecifically unassigned diastereotopic substituents for which
NOEs to both hydrogens were observed, the DIANA treatment of
diastereotopic hydrogens is used. In cases where both NOEs had an equal
upper distance limit, no pseudoatom correction is applied. In cases
where both NOEs have different upper distance limits, the upper distance
limit of both NOEs is set equal to the higher limit of the two, and an
extra 'DIANA' pseudoatom distance constraint is calculated and added
to the constraint list, indicated by '!!' in the constraint list.
;
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_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_1ghj
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
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_Distance_constraint_list.Block_ID 2
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
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68 ! 447 66 447 68 parsed_1ghj 1
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70
;
!
K60
;
465 65 466 19 parsed_1ghj 1
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73 ! 488 66 488 68 parsed_1ghj 1
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75
;
!
G63
;
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stop_
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_3
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_1ghj
_Distance_constraint_list.ID 2
_Distance_constraint_list.Constraint_type "hydrogen bond"
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 3
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
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_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
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2 1 . . . parsed_1ghj 2
3 1 . . . parsed_1ghj 2
4 1 . . . parsed_1ghj 2
5 1 . . . parsed_1ghj 2
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7 1 . . . parsed_1ghj 2
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30 1 . . . parsed_1ghj 2
stop_
loop_
_Dist_constraint.Tree_node_member_constraint_ID
_Dist_constraint.Tree_node_member_node_ID
_Dist_constraint.Constraint_tree_node_member_ID
_Dist_constraint.Assembly_atom_ID
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_Dist_constraint.Entity_ID
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stop_
loop_
_Dist_constraint_value.Constraint_ID
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5 1 . . . . . 2.9 2.5 3.3 parsed_1ghj 2
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7 1 . . . . . 2.9 2.5 3.3 parsed_1ghj 2
8 1 . . . . . 1.9 1.5 2.3 parsed_1ghj 2
9 1 . . . . . 2.9 2.5 3.3 parsed_1ghj 2
10 1 . . . . . 1.9 1.5 2.3 parsed_1ghj 2
11 1 . . . . . 2.9 2.5 3.3 parsed_1ghj 2
12 1 . . . . . 1.9 1.5 2.3 parsed_1ghj 2
13 1 . . . . . 2.9 2.5 3.3 parsed_1ghj 2
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29 1 . . . . . 2.9 2.5 3.3 parsed_1ghj 2
30 1 . . . . . 1.9 1.5 2.3 parsed_1ghj 2
stop_
loop_
_Dist_constraint_comment_org.ID
_Dist_constraint_comment_org.Comment_text
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_column
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_column
_Dist_constraint_comment_org.Entry_ID
_Dist_constraint_comment_org.Distance_constraint_list_ID
1
;
!H-BOND CONSTRAINTS
!H-bond between 72 HN and 4 CO
;
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stop_
save_
save_MR_file_comment_4
_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
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_Org_constr_file_comment.Block_ID 4
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
restraints dihedral reset
;
save_
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_Torsion_angle_constraint_list.Entry_ID parsed_1ghj
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_Torsion_angle_constraint_list.Block_ID 5
_Torsion_angle_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
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1
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! Phi constraints AND Chi constraints
! Phi restraints: minimum deviation = 30 degrees
! 3J values from HMQC-J experiment, after fitting and/or spectral simulations
! for 3J values > 9 Hz, phi = -120 +- 30
! for 3J values > 8 Hz, phi = -120 +- 40
! for 3J values < 6 Hz, phi = -55 +- 30
! ILE2
;
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2 "! ILE4" 12 1 12 11 parsed_1ghj 1
3 "! LYS5" 15 1 15 11 parsed_1ghj 1
4 "! ALA6" 18 1 18 11 parsed_1ghj 1
5 "! GLU11" 21 1 21 12 parsed_1ghj 1
6 "! ILE13" 24 1 24 13 parsed_1ghj 1
7 "! THR17" 27 1 27 12 parsed_1ghj 1
8 "! VAL18" 30 1 30 13 parsed_1ghj 1
9 "! ALA19" 33 1 33 12 parsed_1ghj 1
10 "! THR20" 36 1 36 12 parsed_1ghj 1
11 "! TRP21" 39 1 39 13 parsed_1ghj 1
12 "! LYS23" 42 1 42 12 parsed_1ghj 1
13 "! LYS24" 45 1 45 12 parsed_1ghj 1
14 "! VAL29" 48 1 48 13 parsed_1ghj 1
15 "! LYS30" 51 1 51 12 parsed_1ghj 1
16 "! ARG31" 54 1 54 12 parsed_1ghj 1
17 "! LEU34" 57 1 57 13 parsed_1ghj 1
18 "! ILE35" 60 1 60 12 parsed_1ghj 1
19 "! ASP37" 63 1 63 13 parsed_1ghj 1
20 "! ILE38" 66 1 66 12 parsed_1ghj 1
21 "! GLU39" 69 1 69 13 parsed_1ghj 1
22 "! THR40" 72 1 72 12 parsed_1ghj 1
23 "! ASP41" 75 1 75 13 parsed_1ghj 1
24 "! LYS42" 78 1 78 12 parsed_1ghj 1
25 "! VAL43" 81 1 81 13 parsed_1ghj 1
26 "! VAL44" 84 1 84 12 parsed_1ghj 1
27 "! MET45" 87 1 87 13 parsed_1ghj 1
28 "! VAL47" 90 1 90 12 parsed_1ghj 1
29 "! LEU48" 93 1 93 13 parsed_1ghj 1
30 "! ALA49" 96 1 96 12 parsed_1ghj 1
31 "! VAL54" 99 1 99 12 parsed_1ghj 1
32 "! ILE55" 102 1 102 12 parsed_1ghj 1
33 "! ILE58" 105 1 105 13 parsed_1ghj 1
34 "! VAL59" 108 1 108 12 parsed_1ghj 1
35 "! LYS60" 111 1 111 13 parsed_1ghj 1
36 "! ASN61" 114 1 114 12 parsed_1ghj 1
37 "! GLU62" 117 1 117 13 parsed_1ghj 1
38 "! VAL66" 120 1 120 12 parsed_1ghj 1
39 "! LEU67" 123 1 123 13 parsed_1ghj 1
40 "! SER68" 126 1 126 12 parsed_1ghj 1
41 "! GLU70" 129 1 129 13 parsed_1ghj 1
42 "! LEU71" 132 1 132 12 parsed_1ghj 1
43 "! LEU72" 135 1 135 12 parsed_1ghj 1
44 "! LYS74" 138 1 138 13 parsed_1ghj 1
45 "! LEU75" 141 1 141 12 parsed_1ghj 1
46 "! THR76" 144 1 144 13 parsed_1ghj 1
47 "! GLU77" 147 1 147 12 parsed_1ghj 1
48
;
! Chi constraints: minimum deviation = 30 degrees
! beta-methylene protons
! D3, g2t3
;
152 1 156 15 parsed_1ghj 1
49 "! W21, t2g3" 159 1 159 17 parsed_1ghj 1
50 "! H22, t2g3" 162 1 162 16 parsed_1ghj 1
51 "! D32, g2t3" 165 1 165 16 parsed_1ghj 1
52 "! D37, t2g3" 168 1 168 16 parsed_1ghj 1
53 "! K42, t2g3" 171 1 171 16 parsed_1ghj 1
54 "! M45, t2g3" 174 1 174 16 parsed_1ghj 1
55 "! D52, g2t3" 177 1 177 17 parsed_1ghj 1
56 "! N61, t2g3" 180 1 180 16 parsed_1ghj 1
57 "! D64, g2t3" 183 1 183 16 parsed_1ghj 1
58 "! E70, g2t3" 186 1 186 16 parsed_1ghj 1
59 "! L72, t2g3" 189 1 189 16 parsed_1ghj 1
60 "! E77, t2g3" 192 1 192 16 parsed_1ghj 1
61
;
! Valines
! V18, g+
;
197 1 199 14 parsed_1ghj 1
62 "! V36, t" 202 1 202 12 parsed_1ghj 1
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