NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | cing | stage | program | type | subtype | item_count |
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|
650135 |
6lmr   |
cing | 2-parsed | STAR | entry | full | 1339 |
data_6lmr_MR_file_constraints
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_Study_list.Sf_category study_list
_Study_list.Entry_ID parsed_6lmr
_Study_list.ID 1
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_Study.ID
_Study.Name
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_Study.Details
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_Study.Study_list_ID
1 "Conversion project" NMR . parsed_6lmr 1
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_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_6lmr
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
_Entry.Original_release_date .
_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 6lmr "Master copy" parsed_6lmr
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_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_6lmr
_Constraint_stat_list.ID 1
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_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
_Constraint_file.Software_label
_Constraint_file.Software_name
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_Constraint_file.Constraint_subtype
_Constraint_file.Constraint_subsubtype
_Constraint_file.Constraint_number
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_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 6lmr.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_6lmr 1
1 6lmr.mr . . XPLOR/CNS 2 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 149 parsed_6lmr 1
1 6lmr.mr . . XPLOR/CNS 3 distance NOE simple 1190 parsed_6lmr 1
1 6lmr.mr . . "MR format" 4 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_6lmr 1
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_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_6lmr
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_Org_constr_file_comment.Block_ID 1
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER DNA BINDING PROTEIN 26-DEC-19 6LMR
*TITLE SOLUTION STRUCTURE OF COLD SHOCK DOMAIN AND SSDNA COMPLEX
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: Y-BOX-BINDING PROTEIN 1;
*COMPND 3 CHAIN: A;
*COMPND 4 SYNONYM: YB-1,CCAAT-BINDING TRANSCRIPTION FACTOR I SUBUNIT A,CBF-A,
*COMPND 5 DNA-BINDING PROTEIN B,DBPB,ENHANCER FACTOR I SUBUNIT A,EFI-A,
*COMPND 6 NUCLEASE-SENSITIVE ELEMENT-BINDING PROTEIN 1,Y-BOX TRANSCRIPTION
*COMPND 7 FACTOR;
*COMPND 8 ENGINEERED: YES;
*COMPND 9 MOL_ID: 2;
*COMPND 10 MOLECULE: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*AP*CP*CP*T)-3');
*COMPND 11 CHAIN: B;
*COMPND 12 ENGINEERED: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: HOMO SAPIENS;
*SOURCE 3 ORGANISM_COMMON: HUMAN;
*SOURCE 4 ORGANISM_TAXID: 9606;
*SOURCE 5 GENE: YBX1, NSEP1, YB1;
*SOURCE 6 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3);
*SOURCE 7 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 469008;
*SOURCE 8 MOL_ID: 2;
*SOURCE 9 SYNTHETIC: YES;
*SOURCE 10 ORGANISM_SCIENTIFIC: HOMO SAPIENS;
*SOURCE 11 ORGANISM_TAXID: 9606
*KEYWDS Y-BOX, COLD SHOCK DOMAIN, SSNDA, COMPLEX, DNA BINDING PROTEIN
*EXPDTA SOLUTION NMR
*NUMMDL 20
*AUTHOR J.FAN,D.YANG
*REVDAT 1 22-JUL-20 6LMR 0
;
save_
save_CNS/XPLOR_dihedral_2
_Torsion_angle_constraint_list.Sf_category torsion_angle_constraints
_Torsion_angle_constraint_list.Entry_ID parsed_6lmr
_Torsion_angle_constraint_list.ID 1
_Torsion_angle_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Torsion_angle_constraint_list.Block_ID 2
_Torsion_angle_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Torsion_angle_constraint.ID
_Torsion_angle_constraint.Torsion_angle_name
_Torsion_angle_constraint.Assembly_atom_ID_1
_Torsion_angle_constraint.Entity_assembly_ID_1
_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_1
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_Torsion_angle_constraint.Resonance_ID_1
_Torsion_angle_constraint.Assembly_atom_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Entity_assembly_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Comp_index_ID_2
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_Torsion_angle_constraint.Atom_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Resonance_ID_2
_Torsion_angle_constraint.Assembly_atom_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Entity_assembly_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Comp_index_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Seq_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Comp_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Atom_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Resonance_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Assembly_atom_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Entity_assembly_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Entity_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Comp_index_ID_4
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_Torsion_angle_constraint.Comp_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Atom_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Resonance_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Angle_lower_bound_val
_Torsion_angle_constraint.Angle_upper_bound_val
_Torsion_angle_constraint.Source_experiment_ID
_Torsion_angle_constraint.Auth_asym_ID_1
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_Torsion_angle_constraint.Auth_asym_ID_3
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_Torsion_angle_constraint.Auth_asym_ID_4
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_Torsion_angle_constraint.Auth_comp_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Auth_atom_ID_4
_Torsion_angle_constraint.Entry_ID
_Torsion_angle_constraint.Torsion_angle_constraint_list_ID
1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -140.0 -40.0 . . 52 . c . 53 . n . 53 . ca . 53 . c parsed_6lmr 1
2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93.0 177.0 . . 53 . n . 53 . ca . 53 . c . 54 . n parsed_6lmr 1
3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -122.0 -50.0 . . 53 . c . 54 . n . 54 . ca . 54 . c parsed_6lmr 1
4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73.0 165.0 . . 54 . n . 54 . ca . 54 . c . 55 . n parsed_6lmr 1
5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -128.7 -61.1 . . 54 . c . 55 . n . 55 . ca . 55 . c parsed_6lmr 1
6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -55.5 -14.1 . . 55 . n . 55 . ca . 55 . c . 56 . n parsed_6lmr 1
7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -191.8 -91.8 . . 55 . c . 56 . n . 56 . ca . 56 . c parsed_6lmr 1
8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129.2 170.4 . . 56 . n . 56 . ca . 56 . c . 57 . n parsed_6lmr 1
9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -153.0 -99.0 . . 56 . c . 57 . n . 57 . ca . 57 . c parsed_6lmr 1
10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -195.0 -95.0 . . 57 . n . 57 . ca . 57 . c . 58 . n parsed_6lmr 1
11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -129.3 -29.3 . . 57 . c . 58 . n . 58 . ca . 58 . c parsed_6lmr 1
12 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82.8 182.8 . . 58 . n . 58 . ca . 58 . c . 59 . n parsed_6lmr 1
13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -166.4 -66.4 . . 58 . c . 59 . n . 59 . ca . 59 . c parsed_6lmr 1
14 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90.4 190.4 . . 59 . n . 59 . ca . 59 . c . 60 . n parsed_6lmr 1
15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131.0 177.6 . . 60 . n . 60 . ca . 60 . c . 61 . n parsed_6lmr 1
16 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -153.0 -75.0 . . 61 . c . 62 . n . 62 . ca . 62 . c parsed_6lmr 1
17 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116.0 156.0 . . 62 . n . 62 . ca . 62 . c . 63 . n parsed_6lmr 1
18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -103.0 -49.0 . . 62 . c . 63 . n . 63 . ca . 63 . c parsed_6lmr 1
19 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98.0 138.0 . . 63 . n . 63 . ca . 63 . c . 64 . n parsed_6lmr 1
20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -127.0 -49.0 . . 63 . c . 64 . n . 64 . ca . 64 . c parsed_6lmr 1
21 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -66.0 -26.0 . . 64 . n . 64 . ca . 64 . c . 65 . n parsed_6lmr 1
22 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -185.0 -137.0 . . 64 . c . 65 . n . 65 . ca . 65 . c parsed_6lmr 1
23 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140.0 180.0 . . 65 . n . 65 . ca . 65 . c . 66 . n parsed_6lmr 1
24 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -161.0 -61.0 . . 65 . c . 66 . n . 66 . ca . 66 . c parsed_6lmr 1
25 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97.0 145.0 . . 66 . n . 66 . ca . 66 . c . 67 . n parsed_6lmr 1
26 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -140.0 -40.0 . . 66 . c . 67 . n . 67 . ca . 67 . c parsed_6lmr 1
27 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78.0 138.0 . . 67 . n . 67 . ca . 67 . c . 68 . n parsed_6lmr 1
28 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -93.0 -27.6 . . 67 . c . 68 . n . 68 . ca . 68 . c parsed_6lmr 1
29 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -64.8 -12.8 . . 68 . n . 68 . ca . 68 . c . 69 . n parsed_6lmr 1
30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -85.4 -45.4 . . 68 . c . 69 . n . 69 . ca . 69 . c parsed_6lmr 1
31 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -56.6 -5.8 . . 69 . n . 69 . ca . 69 . c . 70 . n parsed_6lmr 1
32 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -120.4 -57.0 . . 69 . c . 70 . n . 70 . ca . 70 . c parsed_6lmr 1
33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18.3 118.3 . . 70 . c . 71 . n . 71 . ca . 71 . c parsed_6lmr 1
34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -8.9 91.1 . . 71 . n . 71 . ca . 71 . c . 72 . n parsed_6lmr 1
35 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -178.1 -78.1 . . 71 . c . 72 . n . 72 . ca . 72 . c parsed_6lmr 1
36 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104.2 204.2 . . 72 . n . 72 . ca . 72 . c . 73 . n parsed_6lmr 1
37 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -160.1 -95.9 . . 73 . c . 74 . n . 74 . ca . 74 . c parsed_6lmr 1
38 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131.8 171.8 . . 74 . n . 74 . ca . 74 . c . 75 . n parsed_6lmr 1
39 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -164.5 -64.5 . . 74 . c . 75 . n . 75 . ca . 75 . c parsed_6lmr 1
40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103.0 149.4 . . 75 . n . 75 . ca . 75 . c . 76 . n parsed_6lmr 1
41 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -144.6 -44.6 . . 75 . c . 76 . n . 76 . ca . 76 . c parsed_6lmr 1
42 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106.9 146.9 . . 76 . n . 76 . ca . 76 . c . 77 . n parsed_6lmr 1
43 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -138.1 -38.1 . . 79 . c . 80 . n . 80 . ca . 80 . c parsed_6lmr 1
44 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -45.2 36.0 . . 80 . n . 80 . ca . 80 . c . 81 . n parsed_6lmr 1
45 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -164.7 -64.7 . . 81 . c . 82 . n . 82 . ca . 82 . c parsed_6lmr 1
46 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120.9 170.9 . . 82 . n . 82 . ca . 82 . c . 83 . n parsed_6lmr 1
47 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -150.8 -50.8 . . 82 . c . 83 . n . 83 . ca . 83 . c parsed_6lmr 1
48 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108.1 157.3 . . 83 . n . 83 . ca . 83 . c . 84 . n parsed_6lmr 1
49 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -141.6 -85.6 . . 83 . c . 84 . n . 84 . ca . 84 . c parsed_6lmr 1
50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113.1 153.1 . . 84 . n . 84 . ca . 84 . c . 85 . n parsed_6lmr 1
51 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -136.9 -36.9 . . 84 . c . 85 . n . 85 . ca . 85 . c parsed_6lmr 1
52 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113.6 153.6 . . 85 . n . 85 . ca . 85 . c . 86 . n parsed_6lmr 1
53 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -157.7 -82.5 . . 85 . c . 86 . n . 86 . ca . 86 . c parsed_6lmr 1
54 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96.6 172.2 . . 86 . n . 86 . ca . 86 . c . 87 . n parsed_6lmr 1
55 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -143.3 -43.3 . . 86 . c . 87 . n . 87 . ca . 87 . c parsed_6lmr 1
56 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85.8 175.2 . . 87 . n . 87 . ca . 87 . c . 88 . n parsed_6lmr 1
57 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -87.8 -35.2 . . 87 . c . 88 . n . 88 . ca . 88 . c parsed_6lmr 1
58 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -52.6 -7.2 . . 88 . n . 88 . ca . 88 . c . 89 . n parsed_6lmr 1
59 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -103.9 -43.9 . . 88 . c . 89 . n . 89 . ca . 89 . c parsed_6lmr 1
60 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -69.8 9.0 . . 89 . n . 89 . ca . 89 . c . 90 . n parsed_6lmr 1
61 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -142.0 -42.0 . . 89 . c . 90 . n . 90 . ca . 90 . c parsed_6lmr 1
62 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -60.0 28.2 . . 90 . n . 90 . ca . 90 . c . 91 . n parsed_6lmr 1
63 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -133.9 -33.9 . . 90 . c . 91 . n . 91 . ca . 91 . c parsed_6lmr 1
64 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68.9 142.9 . . 91 . n . 91 . ca . 91 . c . 92 . n parsed_6lmr 1
65 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -145.0 -45.0 . . 91 . c . 92 . n . 92 . ca . 92 . c parsed_6lmr 1
66 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -55.8 -15.8 . . 92 . n . 92 . ca . 92 . c . 93 . n parsed_6lmr 1
67 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . -173.3 -73.3 . . 92 . c . 93 . n . 93 . ca . 93 . c parsed_6lmr 1
68 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114.4 176.2 . . 93 . n . 93 . ca . 93 . c . 94 . n parsed_6lmr 1
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8
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Chi for 2'-endo
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(resid 303 and name n1 ) (resid 303 and name c4 ) 1.0 -105.0 15.0 2
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(resid 304 and name n1) (resid 304 and name c2) 1.0 -105.0 25.0 2
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(resid 305 and name n1 ) (resid 305 and name c4 ) 1.0 -105.0 15.0 2
assign (resid 306 and name o4') (resid 306 and name c1')
(resid 306 and name n1) (resid 306 and name c2) 1.0 -105.0 25.0 2
assign (resid 307 and name o4') (resid 307 and name c1')
(resid 307 and name n1) (resid 307 and name c2) 1.0 -105.0 15.0 2
;
323 1 359 74 parsed_6lmr 1
stop_
loop_
_TA_constraint_parse_err.ID
_TA_constraint_parse_err.Content
_TA_constraint_parse_err.Begin_line
_TA_constraint_parse_err.Begin_column
_TA_constraint_parse_err.End_line
_TA_constraint_parse_err.End_column
_TA_constraint_parse_err.Entry_ID
_TA_constraint_parse_err.Torsion_angle_constraint_list_ID
1 "# Restraints file 1: dihedral_all.tbl" 1 1 1 37 parsed_6lmr 1
stop_
save_
save_CNS/XPLOR_distance_constraints_3
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_6lmr
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 3
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
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13 1 . . . parsed_6lmr 1
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15 1 . . . parsed_6lmr 1
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137 1 . . . parsed_6lmr 1
138 1 . . . parsed_6lmr 1
139 1 . . . parsed_6lmr 1
140 1 . . . parsed_6lmr 1
141 1 . . . parsed_6lmr 1
142 1 . . . parsed_6lmr 1
143 1 . . . parsed_6lmr 1
144 1 . . . parsed_6lmr 1
145 1 . . . parsed_6lmr 1
146 1 . . . parsed_6lmr 1
147 1 . . . parsed_6lmr 1
148 1 . . . parsed_6lmr 1
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150 1 . . . parsed_6lmr 1
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152 1 . . . parsed_6lmr 1
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154 1 . . . parsed_6lmr 1
155 1 . . . parsed_6lmr 1
156 1 . . . parsed_6lmr 1
157 1 . . . parsed_6lmr 1
158 1 . . . parsed_6lmr 1
159 1 . . . parsed_6lmr 1
160 1 . . . parsed_6lmr 1
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173 1 . . . parsed_6lmr 1
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176 1 . . . parsed_6lmr 1
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180 1 . . . parsed_6lmr 1
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Contact the webmaster for help, if required. Tuesday, June 25, 2024 11:41:17 PM GMT (wattos1)