NMR Restraints Grid
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NMR Restraints Grid |
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Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | cing | stage | program | type | subtype | item_count |
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54656 |
4gat   |
cing | 2-parsed | STAR | entry | full | 978 |
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_Study_list.Entry_ID parsed_4gat
_Study_list.ID 1
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_Study.ID
_Study.Name
_Study.Type
_Study.Details
_Study.Entry_ID
_Study.Study_list_ID
1 "Conversion project" NMR . parsed_4gat 1
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_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_4gat
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
_Entry.Original_release_date .
_Entry.Origination .
_Entry.NMR_STAR_version 3.1
_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 4gat "Master copy" parsed_4gat
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_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_4gat
_Constraint_stat_list.ID 1
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_Constraint_file.ID
_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
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_Constraint_file.Block_ID
_Constraint_file.Constraint_type
_Constraint_file.Constraint_subtype
_Constraint_file.Constraint_subsubtype
_Constraint_file.Constraint_number
_Constraint_file.Entry_ID
_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 4gat.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . n/a 2 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . XPLOR/CNS 3 distance NOE ambi 280 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . n/a 4 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . XPLOR/CNS 5 distance NOE simple 210 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . n/a 6 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . XPLOR/CNS 7 distance NOE ambi 48 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . n/a 8 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . XPLOR/CNS 9 distance "hydrogen bond" simple 20 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . n/a 10 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . XPLOR/CNS 11 distance "hydrogen bond" simple 66 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . n/a 12 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . XPLOR/CNS 13 distance "hydrogen bond" simple 4 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . n/a 14 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . XPLOR/CNS 15 distance "hydrogen bond" simple 8 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . n/a 16 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . XPLOR/CNS 17 distance "general distance" ambi 2 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . n/a 18 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . XPLOR/CNS 19 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 122 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . n/a 20 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . XPLOR/CNS 21 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 170 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . n/a 22 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . XPLOR/CNS 23 "coupling constant" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . n/a 24 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . XPLOR/CNS 25 "chemical shift" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . n/a 26 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . XPLOR/CNS 27 "dipolar coupling" "Not applicable" "Not applicable" 48 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . n/a 28 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . PIPP 29 "chemical shift" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
1 4gat.mr . . "MR format" 30 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_4gat 1
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_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_4gat
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_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 1
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATION/DNA) 07-NOV-97 4GAT
*TITLE SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE WILD TYPE DNA BINDING DOMAIN
*TITLE 2 OF AREA COMPLEXED TO A 13BP DNA CONTAINING A CGATA SITE,
*TITLE 3 REGULARIZED MEAN STRUCTURE
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: AREA;
*COMPND 3 CHAIN: A;
*COMPND 4 FRAGMENT: DNA BINDING DOMAIN;
*COMPND 5 ENGINEERED: YES;
*COMPND 6 MOL_ID: 2;
*COMPND 7 MOLECULE: DNA;
*COMPND 8 CHAIN: B, C;
*COMPND 9 ENGINEERED: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: ASPERGILLUS NIDULANS;
*SOURCE 3 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;
*SOURCE 4 MOL_ID: 2;
*SOURCE 5 SYNTHETIC: YES
*KEYWDS DNA BINDING PROTEIN, TRANSCRIPTION FACTOR, ZINC BINDING
*KEYWDS 2 DOMAIN, COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATION/DNA)
*EXPDTA NMR, REGULARIZED MEAN STRUCTURE
*AUTHOR G.M.CLORE,M.STARICH,M.WIKSTROM,A.M.GRONENBORN
*REVDAT 1 28-JAN-98 4GAT 0
ENTRY: 4GATMR
EXPERIMENTAL RESTRAINTS FOR 4GAT and 5GAT
TITLE SOLUTION STRUCTURE OF THE WILD TYPE DNA BINDING DOMAIN OF AREA
TITLE COMPLEXED TO A 13BP DNA CONTAINING A CGATA SITE
HEADER TRANSCRIPTION REGULATION
EXPDTA NMR, REGULARIZED MEAN STRUCTURE
AUTHOR G.M.CLORE, M. STARICH, M. WIKSTROM, A.M. GRONENBORN
COMPND MOL_ID: 1;
COMPND 2 MOLECULE: WILD TYPE AREA DNA BINDING DOMAIN and DNA;
COMPND 3 CHAIN: NULL
SOURCE MOL_ID: 1;
SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: ASPERGILUS NIDULANS
SOURCE 3 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI
SOURCE 4 MOL_ID: 2;
SOURCE 5 SYNTHETIC
KEYWDS DNA BINDING PROTEIN,
KEYWDS 2 TRANSCRIPTION FACTOR, ZINC BINDING DOMAIN
JRNL AUTH M.R. STARICH, M. WIKSTROM, S SHUNACHER, H.N. ARST,
JRNL AUTH 2 G.M.CLORE, A.M.GRONENBORN (1997)
JRNL TITL SOLUTION STRUCTURE OF WILD TYPE
JRNL TITL 2 AND MUTANT AREA PROTEIN-DNA COMPLEXES: DETERMINANTS OF AFFINITY AND
JRNL TITL 3 SPECIFICITY IN GATA FACTORS.
JRNL REF GENES & DEVELOPMENT SUBMITTED
REMARK 2
REMARK 3
REMARK 3 REFINEMENT.
REMARK 3 PROGRAM : X-PLOR 3.1
REMARK 3
REMARK 3 OTHER REFINEMENT REMARKS:
REMARK 3 THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED
REMARK 3 ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT.
REMARK 3 229, 129 - 136 AND PROTEIN ENGINEERING 2, 27 - 38 USING THE PROGRAM
REMARK 3 XPLOR MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING CONSTANT RESTRAINTS (GARETT
REMARK 3 ET AL. (1994) J. MAGN RESON. SERIES B 104, 99 - 103), CARBON
REMARK 3 CHEMICAL SHIFT RETSRINATS (KUSZEWSKI ET AL. (1995) J. MAGN. RESON.
REMARK 3 SERIES B 106, 92 - 96) RESTRAINTS, DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS
REMARK 3 (TJANDRA ET AL. (1997) NATURE STRUCT BIOL 4, 732-738) AND A
REMARK 3 CONFORMATIONAL DATABASE POTENTIAL FOR PROTEINS AND NUCLEIC
REMARK 3 ACIDS (KUSZWESKI ET AL. (1996) PROTEIN SCI 5, 1067 - 1080
REMARK 3 AND (1997) J. MAGN. RESON. 125, 171-177)
REMARK 3
;
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_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_4gat
_Org_constr_file_comment.ID 2
_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 2
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
A. NOE restraints
1. within the protein
;
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save_CNS/XPLOR_distance_constraints_3
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_4gat
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 3
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
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_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_4gat 1
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A110-G111
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39
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45
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_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_column
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save_MR_file_comment_8
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;
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stop_
loop_
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_Dist_constraint_value.Spectral_peak_ID
_Dist_constraint_value.Intensity_val
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_Dist_constraint_value.Distance_constraint_list_ID
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3 1 . . . . . 3.3 2.6 3.5 parsed_4gat 4
4 1 . . . . . 2.3 1.6 2.5 parsed_4gat 4
5 1 . . . . . 3.3 2.6 3.5 parsed_4gat 4
6 1 . . . . . 2.3 1.6 2.5 parsed_4gat 4
7 1 . . . . . 3.3 2.6 3.5 parsed_4gat 4
8 1 . . . . . 2.3 1.6 2.5 parsed_4gat 4
9 1 . . . . . 3.3 2.6 3.5 parsed_4gat 4
10 1 . . . . . 2.3 1.6 2.5 parsed_4gat 4
11 1 . . . . . 3.3 2.6 3.5 parsed_4gat 4
12 1 . . . . . 2.3 1.6 2.5 parsed_4gat 4
13 1 . . . . . 3.3 2.6 3.5 parsed_4gat 4
14 1 . . . . . 2.3 1.6 2.5 parsed_4gat 4
15 1 . . . . . 3.3 2.6 3.5 parsed_4gat 4
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loop_
_Dist_constraint_comment_org.ID
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61 1 . . . . . 2.95 2.75 3.15 parsed_4gat 5
62 1 . . . . . 1.95 1.75 2.15 parsed_4gat 5
63 1 . . . . . 2.82 2.62 3.02 parsed_4gat 5
64 1 . . . . . 1.82 1.62 2.02 parsed_4gat 5
65 1 . . . . . 2.95 2.75 3.15 parsed_4gat 5
66 1 . . . . . 1.95 1.75 2.15 parsed_4gat 5
stop_
loop_
_Dist_constraint_comment_org.ID
_Dist_constraint_comment_org.Comment_text
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_begin_column
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_line
_Dist_constraint_comment_org.Comment_end_column
_Dist_constraint_comment_org.Entry_ID
_Dist_constraint_comment_org.Distance_constraint_list_ID
1
;
***GC base pairs***
BP 3
;
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3 "BP 9" 16 1 16 6 parsed_4gat 5
4 "BP 11" 23 1 23 7 parsed_4gat 5
5
;
***CG base pairs***
BP 1
;
31 1 32 6 parsed_4gat 5
6 "BP 4" 40 1 40 6 parsed_4gat 5
7 "BP 13" 48 1 48 7 parsed_4gat 5
8
;
***AT base pairs***
BP 2
;
56 1 57 6 parsed_4gat 5
9 "BP 6" 63 1 63 6 parsed_4gat 5
10 "BP 8" 69 1 69 6 parsed_4gat 5
11 "BP 10" 75 1 75 7 parsed_4gat 5
12 "BP 12" 81 1 81 7 parsed_4gat 5
13
;
***TA base pairs***
BP 7
;
87 1 88 6 parsed_4gat 5
stop_
save_
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_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_4gat
_Org_constr_file_comment.ID 7
_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 12
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
6. intermolecular hbonds
;
save_
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_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_4gat
_Distance_constraint_list.ID 6
_Distance_constraint_list.Constraint_type "hydrogen bond"
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 13
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
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3 1 . . . parsed_4gat 6
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stop_
loop_
_Dist_constraint.Tree_node_member_constraint_ID
_Dist_constraint.Tree_node_member_node_ID
_Dist_constraint.Constraint_tree_node_member_ID
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_Dist_constraint.Entity_ID
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stop_
loop_
_Dist_constraint_value.Constraint_ID
_Dist_constraint_value.Tree_node_ID
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3 1 . . . . . 3.1 2.6 3.3 parsed_4gat 6
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stop_
save_
save_MR_file_comment_14
_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
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_Org_constr_file_comment.ID 8
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_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
7. repulsive distance restraints
;
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_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_4gat
_Distance_constraint_list.ID 7
_Distance_constraint_list.Constraint_type "hydrogen bond"
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_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
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_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
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7 1 . . . parsed_4gat 7
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stop_
loop_
_Dist_constraint.Tree_node_member_constraint_ID
_Dist_constraint.Tree_node_member_node_ID
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8 1 2 . . . . . . . . . 109 . n2 parsed_4gat 7
stop_
loop_
_Dist_constraint_value.Constraint_ID
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7 1 . . . . . 4.1 4.0 104.1 parsed_4gat 7
8 1 . . . . . 4.1 4.0 104.1 parsed_4gat 7
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save_
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_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
8. intermolecular restraints involving phosphates
;
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_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_4gat
_Distance_constraint_list.ID 8
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_Distance_constraint_list.Block_ID 17
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
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_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
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_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
1 1 . . . parsed_4gat 8
2 1 . . . parsed_4gat 8
stop_
loop_
_Dist_constraint.Tree_node_member_constraint_ID
_Dist_constraint.Tree_node_member_node_ID
_Dist_constraint.Constraint_tree_node_member_ID
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2 1 2 . . . . . . . . . 112 . p parsed_4gat 8
stop_
loop_
_Dist_constraint_value.Constraint_ID
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2 1 . . . . . 5.6 5.5 10.0 parsed_4gat 8
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_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 18
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
B. Torsion angle restraints
1. Protein
;
save_
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_Torsion_angle_constraint_list.Entry_ID parsed_4gat
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_Torsion_angle_constraint_list.Block_ID 19
_Torsion_angle_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Torsion_angle_constraint.ID
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_Torsion_angle_constraint.Auth_seq_ID_3
_Torsion_angle_constraint.Auth_comp_ID_3
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F. 1H, 15N and 13C assignments
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