Result table
| image | mrblock_id | pdb_id | bmrb_id | cing | stage | program | type | subtype | item_count |
|
|
53511 | 2rn1 RC | 11014 | cing | 2-parsed | STAR | entry | full | 768 |
data_2rn1_MR_file_constraints
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_Study_list.Sf_category study_list
_Study_list.Entry_ID parsed_2rn1
_Study_list.ID 1
loop_
_Study.ID
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_Study.Details
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_Study.Study_list_ID
1 "Conversion project" NMR . parsed_2rn1 1
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_Entry.Sf_category entry_information
_Entry.ID parsed_2rn1
_Entry.Title "Original constraint list(s)"
_Entry.Version_type original
_Entry.Submission_date .
_Entry.Accession_date .
_Entry.Last_release_date .
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_Entry.Origination .
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_Entry.Original_NMR_STAR_version .
_Entry.Experimental_method NMR
_Entry.Experimental_method_subtype .
loop_
_Related_entries.Database_name
_Related_entries.Database_accession_code
_Related_entries.Relationship
_Related_entries.Entry_ID
PDB 2rn1 "Master copy" parsed_2rn1
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_Constraint_stat_list.Sf_category constraint_statistics
_Constraint_stat_list.Entry_ID parsed_2rn1
_Constraint_stat_list.ID 1
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_Constraint_file.Constraint_filename
_Constraint_file.Software_ID
_Constraint_file.Software_label
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_Constraint_file.Block_ID
_Constraint_file.Constraint_type
_Constraint_file.Constraint_subtype
_Constraint_file.Constraint_subsubtype
_Constraint_file.Constraint_number
_Constraint_file.Entry_ID
_Constraint_file.Constraint_stat_list_ID
1 2rn1.mr . . "MR format" 1 comment "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_2rn1 1
1 2rn1.mr . . XPLOR/CNS 2 distance NOE simple 454 parsed_2rn1 1
1 2rn1.mr . . XPLOR/CNS 3 "dipolar coupling" "Not applicable" "Not applicable" 143 parsed_2rn1 1
1 2rn1.mr . . XPLOR/CNS 4 "dihedral angle" "Not applicable" "Not applicable" 171 parsed_2rn1 1
1 2rn1.mr . . XPLOR/CNS 5 planarity "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_2rn1 1
1 2rn1.mr . . "MR format" 6 "nomenclature mapping" "Not applicable" "Not applicable" 0 parsed_2rn1 1
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_Org_constr_file_comment.Sf_category org_constr_file_comment
_Org_constr_file_comment.Entry_ID parsed_2rn1
_Org_constr_file_comment.ID 1
_Org_constr_file_comment.Constraint_file_ID 1
_Org_constr_file_comment.Block_ID 1
_Org_constr_file_comment.Details "Generated by Wattos"
_Org_constr_file_comment.Comment
;
*HEADER RNA 05-DEC-07 2RN1
*TITLE LIQUID CRYSTAL SOLUTION STRUCTURE OF THE KISSING COMPLEX
*TITLE 2 FORMED BY THE APICAL LOOP OF THE HIV TAR RNA AND A HIGH
*TITLE 3 AFFINITY RNA APTAMER OPTIMIZED BY SELEX
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: RNA (5'-
*COMPND 3 R(P*GP*AP*GP*CP*CP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*UP*C)-3');
*COMPND 4 CHAIN: A;
*COMPND 5 SYNONYM: TAR;
*COMPND 6 ENGINEERED: YES;
*COMPND 7 MOL_ID: 2;
*COMPND 8 MOLECULE: RNA (5'-
*COMPND 9 R(P*GP*CP*UP*GP*GP*UP*CP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*C)-3');
*COMPND 10 CHAIN: B;
*COMPND 11 SYNONYM: TAR*GA;
*COMPND 12 ENGINEERED: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 SYNTHETIC: YES;
*SOURCE 3 OTHER_DETAILS: NUCLEOTIDE SYNTHESIS;
*SOURCE 4 MOL_ID: 2;
*SOURCE 5 SYNTHETIC: YES;
*SOURCE 6 OTHER_DETAILS: NUCLEOTIDE SYNTHESIS
*KEYWDS RNA KISSING COMPLEX, HIV TAR, HIGH AFFINITY RNA APTAMER
*KEYWDS 2 SELECTED BY SELEX, LIQUID CRYSTAL NMR, GA BASE PAIR
*EXPDTA NMR, 17 STRUCTURES
*AUTHOR H.VAN MELCKEBEKE, M.DEVANY, C.DI PRIMO, F.BEAURAIN,
*AUTHOR 2 J.TOULME, D.L.BRYCE, J.BOISBOUVIER
*REVDAT 1 23-SEP-08 2RN1 0
*HEADER RNA 05-DEC-07 2RN1
*TITLE LIQUID CRYSTAL SOLUTION STRUCTURE OF THE KISSING COMPLEX
*TITLE 2 FORMED BY THE APICAL LOOP OF THE HIV TAR RNA AND A HIGH
*TITLE 3 AFFINITY RNA APTAMER OPTIMIZED BY SELEX
*COMPND MOL_ID: 1;
*COMPND 2 MOLECULE: RNA (5'-
*COMPND 3 R(P*GP*AP*GP*CP*CP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*UP*C)-3');
*COMPND 4 CHAIN: A;
*COMPND 5 SYNONYM: TAR;
*COMPND 6 ENGINEERED: YES;
*COMPND 7 MOL_ID: 2;
*COMPND 8 MOLECULE: RNA (5'-
*COMPND 9 R(P*GP*CP*UP*GP*GP*UP*CP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*C)-3');
*COMPND 10 CHAIN: B;
*COMPND 11 SYNONYM: TAR*GA;
*COMPND 12 ENGINEERED: YES
*SOURCE MOL_ID: 1;
*SOURCE 2 SYNTHETIC: YES;
*SOURCE 3 OTHER_DETAILS: NUCLEOTIDE SYNTHESIS;
*SOURCE 4 MOL_ID: 2;
*SOURCE 5 SYNTHETIC: YES;
*SOURCE 6 OTHER_DETAILS: NUCLEOTIDE SYNTHESIS
*KEYWDS RNA KISSING COMPLEX, HIV TAR, HIGH AFFINITY RNA APTAMER
*KEYWDS 2 SELECTED BY SELEX, LIQUID CRYSTAL NMR, GA BASE PAIR
*EXPDTA NMR, 17 STRUCTURES
*AUTHOR H.VAN MELCKEBEKE, M.DEVANY, C.DI PRIMO, F.BEAURAIN,
*AUTHOR 2 J.TOULME, D.L.BRYCE, J.BOISBOUVIER
*REVDAT 1 09-DEC-08 2RN1 0
;
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save_CNS/XPLOR_distance_constraints_2
_Distance_constraint_list.Sf_category distance_constraints
_Distance_constraint_list.Entry_ID parsed_2rn1
_Distance_constraint_list.ID 1
_Distance_constraint_list.Constraint_type NOE
_Distance_constraint_list.Constraint_file_ID 1
_Distance_constraint_list.Block_ID 2
_Distance_constraint_list.Details "Generated by Wattos"
loop_
_Dist_constraint_tree.Constraint_ID
_Dist_constraint_tree.Node_ID
_Dist_constraint_tree.Down_node_ID
_Dist_constraint_tree.Right_node_ID
_Dist_constraint_tree.Logic_operation
_Dist_constraint_tree.Entry_ID
_Dist_constraint_tree.Distance_constraint_list_ID
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stop_
loop_
_RDC_constraint_comment_org.ID
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_RDC_constraint_comment_org.Entry_ID
_RDC_constraint_comment_org.RDC_constraint_list_ID
1
;
! RDC restraints
! Nomenclature : nucleotides belonging to TAR are numbered from 1 to 16,
! those belonging to TAR*GA from 17 to 32.
! RDC classification : three classes have been used (1Hz, 5Hz and 10Hz),
! depending on the resolution of the peaks in the spectra.
! A single set of tensor parameters has been used for the whole RNA complex, but different Da and R values
! have been implemented to account for the alignment differences between the different samples:
! Da= -27.0 Hz and R= 0.05 values were used for RDC measured with the 15N,13C-TAR*GA labeled complex,
! and Da= -31.1 Hz and R= 0.05 for RDC measured with the 15N,13C-TAR labeled complex.
! RDC , class 1Hz
! C1'H1' TAR
;
1 1 17 23 parsed_2rn1 1
2 "! C2'H2'' TAR" 68 1 68 24 parsed_2rn1 1
3 "C3'H3' TAR" 91 1 91 18 parsed_2rn1 1
4 "C4'H4' TAR" 121 1 121 18 parsed_2rn1 1
5 "! C1'H1' TAR*GA" 130 1 130 26 parsed_2rn1 1
6 "! C2'H2' TAR*GA" 188 1 188 27 parsed_2rn1 1
7 "C3'H3' TAR*GA" 246 1 246 21 parsed_2rn1 1
8 "C4'H4' TAR*GA" 283 1 283 21 parsed_2rn1 1
9 "! C5H5 TAR*GA" 313 1 313 17 parsed_2rn1 1
10 "! C6H6 TAR*GA" 371 1 371 17 parsed_2rn1 1
11 "! C8H8 TAR*GA" 429 1 429 17 parsed_2rn1 1
12 "C2H2 TAR*GA" 473 1 473 16 parsed_2rn1 1
13 "! C2H2 TAR" 496 1 496 14 parsed_2rn1 1
14 "! C5H5 TAR" 512 1 512 14 parsed_2rn1 1
15 "! C6H6 TAR" 563 1 563 14 parsed_2rn1 1
16 "! C8H8 TAR" 614 1 614 14 parsed_2rn1 1
17
;
RDC, class 5Hz
! C1'H1' TAR*GA
;
679 1 681 26 parsed_2rn1 1
18 "! C2'H2'' TAR*GA" 718 1 718 28 parsed_2rn1 1
19 "C3'H3' TAR*GA" 741 2 741 19 parsed_2rn1 1
20 "C4'H4' TAR*GA" 757 1 757 18 parsed_2rn1 1
21 "C5'H5' TAR*GA" 766 1 766 18 parsed_2rn1 1
22 "! C8H8 TAR*GA" 782 1 782 17 parsed_2rn1 1
23 "! C1'H1' TAR" 798 1 798 20 parsed_2rn1 1
24 "! C2'H2'' TAR" 828 1 828 20 parsed_2rn1 1
25 "C3'H3' TAR" 881 1 881 16 parsed_2rn1 1
26 "C4'H4' TAR" 911 1 911 18 parsed_2rn1 1
27
;
RDC, class 10Hz
! C1'H1' TAR
;
920 1 922 19 parsed_2rn1 1
28 "! C2'H2'' TAR" 938 1 938 20 parsed_2rn1 1
29 "C3'H3' TAR" 968 1 968 16 parsed_2rn1 1
30 "C4'H4' TAR" 991 1 991 18 parsed_2rn1 1
31
;
! C1'H1' TAR*GA
! C2'H2'' TAR*GA
;
1007 1 1009 28 parsed_2rn1 1
32 "C3'H3' TAR*GA" 1033 1 1033 18 parsed_2rn1 1
33 "C4'H4' TAR*GA" 1070 1 1070 26 parsed_2rn1 1
stop_
save_
save_CNS/XPLOR_dihedral_4
_Torsion_angle_constraint_list.Sf_category torsion_angle_constraints
_Torsion_angle_constraint_list.Entry_ID parsed_2rn1
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_Torsion_angle_constraint_list.Block_ID 4
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1 "angular restraints" 1 1 1 1 parsed_2rn1 1
2 "Nomenclature : nucleotides belonging to TAR are numbered from 1 to 16," 3 1 3 1 parsed_2rn1 1
3 "those belonging to TAR*GA from 17 to 32." 4 1 4 1 parsed_2rn1 1
4 "anti conformation" 6 1 6 1 parsed_2rn1 1
5 "backbone torsion angle beta" 74 1 74 1 parsed_2rn1 1
6 "backbone torsion angle gamma" 138 1 138 1 parsed_2rn1 1
7 "backbone torsion angle epsilon" 204 1 204 1 parsed_2rn1 1
8 "backbone torsion angle alpha" 268 1 268 1 parsed_2rn1 1
9 "backbone torsion angle zeta" 320 1 320 1 parsed_2rn1 1
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