segName='   C'
seq="""
GLY SER HIS MET GLY THR GLU ASP LEU LYS 
TYR SER LEU GLU ARG LEU ARG GLU ILE LEU 
GLU ARG LEU GLU GLU ASN PRO SER GLU LYS 
GLN ILE VAL GLU ALA ILE ARG ALA ILE VAL 
GLU ASN ASN ALA GLN ILE VAL GLU ALA ILE 
ARG ALA ILE VAL GLU ASN ASN ALA GLN ILE 
VAL GLU ASN ASN ARG ALA ILE ILE GLU ALA 
LEU GLU ALA ILE GLY GLY GLY THR LYS ILE 
LEU GLU GLU MET LYS LYS GLN LEU LYS ASP 
LEU LYS ARG SER LEU GLU ARG GLY
"""
patch_list=[]
seqType='prot'
seqSplit = seq.split()
#print "finished reading ["+`len(seqSplit)`+"] residue(s) for a ["+seqType+"] type segi: ["+segName+"]"
