segName='   A'
seq="""
PRO ILE GLY THR VAL ILE PRO ILE GLN HIS 
ILE ARG SER VAL THR GLY GLU PRO PRO ARG 
ASN PRO ARG GLU ILE PRO ILE TRP LEU GLY 
ARG ASN ALA PRO ALA ILE ASP GLY VAL PHE 
PRO VAL THR THR PRO ASP LEU ARG CYS ARG 
ILE ILE ASN ALA ILE LEU GLY GLY ASN ILE 
GLY LEU SER LEU THR PRO GLY ASP CYS LEU 
THR TRP ASP SER ALA VAL ALA THR LEU PHE 
ILE ARG THR HIS GLY THR PHE PRO MET HIS 
GLN LEU GLY ASN VAL ILE LYS GLY ILE VAL 
ASP GLN GLU GLY VAL ALA THR ALA TYR THR 
LEU GLY MET MET LEU SER GLY GLN ASN TYR 
GLN LEU VAL SER GLY ILE ILE ARG GLY TYR 
LEU PRO GLY GLN ALA VAL VAL THR ALA LEU 
GLN GLN ARG LEU ASP GLN GLU ILE ASP ASP 
GLN THR ARG ALA GLU THR PHE ILE GLN HIS 
LEU ASN ALA VAL TYR GLU ILE LEU GLY LEU 
ASN ALA ARG GLY GLN SER ILE ARG LEU GLU 
"""
patch_list=[]
seqType='prot'
seqSplit = seq.split()
#print "finished reading ["+`len(seqSplit)`+"] residue(s) for a ["+seqType+"] type segi: ["+segName+"]"
