segName='   A'
seq="""
SER ILE VAL VAL SER PRO ILE LEU ILE PRO 
GLU ASN GLN ARG GLN PRO PHE PRO ARG ASP 
VAL GLY LYS VAL VAL ASP SER ASP ARG PRO 
GLU ARG SER LYS PHE ARG LEU THR GLY LYS 
GLY VAL ASP GLN GLU PRO LYS GLY ILE PHE 
ARG ILE ASN GLU ASN THR GLY SER VAL SER 
VAL THR ARG THR LEU ASP ARG GLU VAL ILE 
ALA VAL TYR GLN LEU PHE VAL GLU THR THR 
ASP VAL ASN GLY LYS THR LEU GLU GLY PRO 
VAL PRO LEU GLU VAL ILE VAL ILE ASP GLN 
ASN ASP ASN ARG PRO
"""
patch_list=[]
seqType='prot'
seqSplit = seq.split()
#print "finished reading ["+`len(seqSplit)`+"] residue(s) for a ["+seqType+"] type segi: ["+segName+"]"
