segName='   A'
seq="""
MET PRO ALA ALA LEU VAL SER ILE SER VAL 
SER PRO THR ASN SER THR VAL ALA LYS GLY 
LEU GLN GLU ASN PHE LYS ALA THR GLY ILE 
PHE THR ASP ASN SER ASN SER ASP ILE THR 
ASP GLN VAL THR TRP ASP SER SER ASN THR 
ASP ILE LEU SER ILE SER ASN ALA SER ASP 
SER HIS GLY LEU ALA SER THR LEU ASN GLN 
GLY ASN VAL LYS VAL THR ALA SER ILE GLY 
GLY ILE GLN GLY SER THR ASP PHE LYS VAL 
THR GLN
"""
patch_list=[]
seqType='prot'
seqSplit = seq.split()
#print "finished reading ["+`len(seqSplit)`+"] residue(s) for a ["+seqType+"] type segi: ["+segName+"]"
