segName='   A'
seq="""
MET ALA ASP ASP PRO SER ALA ALA ASP ARG 
ASN VAL GLU ILE TRP LYS ILE LYS LYS LEU 
ILE LYS SER LEU GLU ALA ALA ARG GLY ASN 
GLY THR SER MET ILE SER LEU ILE ILE PRO 
PRO LYS ASP GLN ILE SER ARG VAL ALA LYS 
MET LEU ALA ASP GLU PHE GLY THR ALA SER 
ASN ILE LYS SER ARG VAL ASN ARG LEU SER 
VAL LEU GLY ALA ILE THR SER VAL GLN GLN 
ARG LEU LYS LEU TYR ASN LYS VAL PRO PRO 
ASN GLY LEU VAL VAL TYR CYS GLY THR ILE 
VAL THR GLU GLU GLY LYS GLU LYS LYS VAL 
ASN ILE ASP PHE GLU PRO PHE LYS PRO ILE 
ASN THR SER LEU PHE LEU CYS ASP ASN LYS 
PHE HIS THR GLU ALA LEU THR ALA LEU LEU 
SER ASP
"""
patch_list=[]
seqType='prot'
seqSplit = seq.split()
#print "finished reading ["+`len(seqSplit)`+"] residue(s) for a ["+seqType+"] type segi: ["+segName+"]"
