segName='   D'
seq="""
MET GLU LYS VAL GLN TYR LEU THR ARG SER 
ALA ILE ARG ARG ALA . THR ILE GLU MET 
PRO GLN GLN ALA ARG GLN ASN LEU GLN ASN 
LEU PHE ILE ASN PHE CYS LEU ILE LEU ILE 
CYS LEU LEU LEU ILE CYS ILE ILE VAL MET 
LEU LEU
"""
patch_list=[]
seqType='prot'
seqSplit = seq.split()
#print "finished reading ["+`len(seqSplit)`+"] residue(s) for a ["+seqType+"] type segi: ["+segName+"]"
