segName='   A'
seq="""
GLY SER GLU ILE SER GLY ALA ALA GLU LEU 
ASP ARG THR GLU GLU TYR ALA LEU GLY VAL 
VAL GLY VAL LEU GLU SER TYR ILE GLY SER 
ILE ASN ASN ILE THR LYS GLN SER ALA CYS 
VAL ALA MET SER LYS LEU LEU THR GLU LEU 
ASN SER ASP ASP ILE LYS LYS LEU ARG ASP 
ASN GLU GLU PRO ASN SER PRO LYS ILE ARG 
VAL TYR ASN THR VAL ILE SER TYR ILE GLU 
SER ASN ARG LYS ASN ASN LYS GLN THR ILE 
HIS LEU LEU LYS ARG LEU PRO ALA ASP VAL 
LEU LYS LYS THR ILE LYS ASN THR LEU ASP 
ILE HIS LYS SER ILE THR ILE ASN ASN PRO 
LYS
"""
patch_list=[]
seqType='prot'
seqSplit = seq.split()
#print "finished reading ["+`len(seqSplit)`+"] residue(s) for a ["+seqType+"] type segi: ["+segName+"]"
