segName='   A'
seq="""
GLY SER SER GLY SER SER GLY ASN ASP ASP 
ILE ILE VAL ASN TRP VAL ASN GLU THR LEU 
ARG GLU ALA GLU LYS SER SER SER ILE SER 
SER PHE LYS ASP PRO LYS ILE SER THR SER 
LEU PRO VAL LEU ASP LEU ILE ASP ALA ILE 
GLN PRO GLY SER ILE ASN TYR ASP LEU LEU 
LYS THR GLU ASN LEU ASN ASP ASP GLU LYS 
LEU ASN ASN ALA LYS TYR ALA ILE SER MET 
ALA ARG LYS ILE GLY ALA ARG VAL TYR ALA 
LEU PRO GLU ASP LEU VAL GLU VAL ASN PRO 
LYS MET VAL MET THR VAL PHE ALA CYS LEU 
MET GLY LYS GLY MET LYS ARG VAL SER GLY 
PRO SER SER GLY
"""
patch_list=[]
seqType='prot'
seqSplit = seq.split()
#print "finished reading ["+`len(seqSplit)`+"] residue(s) for a ["+seqType+"] type segi: ["+segName+"]"
