segName='   B'
seq="""
MET LYS SER THR GLY ILE VAL ARG LYS VAL 
ASP GLU LEU GLY ARG VAL VAL ILE PRO ILE 
GLU LEU ARG ARG THR LEU GLY ILE ALA GLU 
LYS ASP ALA LEU GLU ILE TYR VAL ASP ASP 
GLU LYS ILE ILE LEU LYS LYS TYR LYS PRO 
ASN MET THR
"""
patch_list=[]
seqType='prot'
seqSplit = seq.split()
#print "finished reading ["+`len(seqSplit)`+"] residue(s) for a ["+seqType+"] type segi: ["+segName+"]"
