segName='   A'
seq="""
GLY SER ILE THR LEU ARG GLY SER ALA GLU 
ILE VAL ALA GLU PHE PHE SER PHE GLY ILE 
ASN SER ILE LEU TYR GLN ARG GLY ILE TYR 
PRO SER GLU THR PHE THR ARG VAL GLN LYS 
TYR GLY LEU THR LEU LEU VAL THR THR ASP 
LEU GLU LEU ILE LYS TYR LEU ASN ASN VAL 
VAL GLU GLN LEU LYS ASP TRP LEU TYR LYS 
CYS SER VAL GLN LYS LEU VAL VAL VAL ILE 
SER ASN ILE GLU SER GLY GLU VAL LEU GLU 
ARG TRP GLN PHE ASP ILE GLU CYS ASP LYS 
THR ALA LYS ASP ASP SER ALA PRO ARG GLU 
LYS SER GLN LYS ALA ILE GLN ASP GLU ILE 
ARG SER VAL ILE ARG GLN ILE THR ALA THR 
VAL THR PHE LEU PRO LEU LEU GLU VAL SER 
CYS SER PHE ASP LEU LEU ILE TYR THR ASP 
LYS ASP LEU VAL VAL PRO GLU LYS TRP GLU 
GLU SER GLY PRO GLN PHE ILE THR ASN SER 
GLU GLU VAL ARG LEU ARG SER PHE THR THR 
THR ILE HIS LYS VAL ASN SER MET VAL ALA 
TYR LYS ILE PRO VAL ASN ASP
"""
patch_list=[]
seqType='prot'
seqSplit = seq.split()
#print "finished reading ["+`len(seqSplit)`+"] residue(s) for a ["+seqType+"] type segi: ["+segName+"]"
